SNOMED CT (I)

Leer en castellano

La semàntica a salut (III)

A les entrades anteriors sobre semàntica a salut s’han presentat els diferents tipus de vocabularis controlats que existeixen, des de dos punts de vista: el seu ús als sistemes d’informació i la seva estructura i objectiu.

Aquest post conformarà una introducció a un dels vocabularis controlats, una terminologia clínica d’interfase i/o de referència: SNOMED CT (Systematized Nomenclature of Medicine-Clinical Terms).

L’estàndard semàntic avarca diferents dominis de l’àmbit sanitari, és internacional, multillenguatge i utilitza components per modelar la realitat: conceptes, descripcions, relacions, etc. SNOMED CT està dissenyat, específicament, per representar, i identificar de manera única, el contingut dels documents clínics i el seu significat als SI (Sistemes d’Informació). Aquesta característica implica que es passa del format típic, amb un codi i una descripció, a una estructura elaborada amb múltiples camps, que es materialitza en una Base de Dades (BBDD) típicament relacional. La terminologia clínica no és un catàleg que hagin d’utilitzar directament els professionals assistencials, cal implantar-la als SI.

La complexitat de SNOMED CT també es deu a la seva mida, ja que conté (segons dades del 2008):

  • Més de 300.000 conceptes.
  • Més de 700.000 descripcions.
  • Més de 900.000 relacions.

Per combatre aquest inconvenient, la terminologia clínica compta amb els anomenats subconjunts: agrupacions de components amb un propòsit determinat. No cal utilitzar tot l’estàndard, només allò que es necessita, treballant per dominis i centrant esforços. La propera entrada terminològica tractarà amb més detall els subconjunts i el mapejos (correspondències entre SNOMED CT i altres vocabularis controlats) de SNOMED CT.

Els conceptes a SNOMED CT són la unitat mínima de significat, cadascun té dues o més descripcions, que poden ser de tres tipus diferents:

  • FSN: Fully Specified Name. És la descripció més formal que obligatòriament té cada concepte. Aquesta mena de literals es caracteritzen per incloure entre parèntesis l’eix o subeix del qual penja el concepte.
  • PT: Preferred Term o Terme Preferit. Correspon a la descripció més amigable, la que veurien els professionals. Cada concepte n’ha de tenir una.
  • SIN: Sinònims opcionals que poden tenir els conceptes.

L’estàndard també presenta relacions entre conceptes, les quals permeten conformar una estructura jeràrquica i aporten informació addicional.

La figura següent mostra informació associada a un concepte de SNOMED CT:

Concepte de SNOMED CT

S’observa el concepte que representa l’al·lèrgia al pol·len, que té com a identificador únic (ConceptId) 300910009 i dues descripcions, una FSN “alergia al polen (trastorno)” i una PT “alergia al polen”. Tots els components dins de SNOMED CT tenen un identificador únic. En l’exemple anterior també es pot veure el DescriptionId de la descripció FSN: 1367836016. A més a més, la imatge mostra les relacions que té el concepte:

  • La jeràrquica “es_un[a]” que indica el pare del concepte: “alergia a sustancia“.
  • La definitòria, que relaciona en aquest cas l’al·lèrgia amb el seu agent causal.

Per últim destacar l’existència dels qualificadors, conceptes que es poden aplicar al concepte principal per afegir informació (com la severitat d’una malaltia o el curs clínic d’un episodi).

 

SNOMED CT s’organitza en 19 eixos d’alt nivell o jerarquies, i es pot representar en forma d’arbre. Tots els conceptes de la terminologia, excepte l’arrel, tenen un o més pares i poden tenir varis fills. D’aquesta manera, la jerarquia és múltiple en ambdós sentits. Els eixos principals es poden veure com els diferents dominis que contempla SNOMED CT:

El vocabulari controlat va ser creat pel CAP (col·legi de patòlegs americà) i inicialment només contenia conceptes d’anatomia patològica. Com s’observa a la figura anterior, actualment presenta una gran diversitat. L’evolució de SNOMED CT està marcada per les dates següents:

  • 1965 SNOP creada pel CAP.
  • 1974 SNOMED.
  • 1979 SNOMED II.
  • 1993 SNOMED versió 3.0.
  • 1998 SNOMED versió 3.5.
  • 1999 SNOMED Reference Terminology (RT).
  • 1999 Aliança entre CAP i UK per fusionar SNOMED RT i CTV3.
  • 2002 SNOMED CT primera versió.
  • 2002 SNOMED CT primera edició espanyola (ES-ARG).
  • 2007 Transferència de SNOMED CT a l’IHTSDO.
  • 2009 Espanya entra a l’IHTSDO.

 

IHTSDO (International Health Terminology Standards Development Organisation) és l’entitat sense ànim de lucre, i amb seu a Dinamarca, que actualment distribueix, gestiona, manté, té els drets, etc. de SNOMED CT a nivell mundial. Els membres de l’organització són països, els representants dels quals s’anomenen NRC (National Release Center). El MSSSI (Ministerio de Sanidad, Servicios Sociales e Igualdad) és el NRC d’Espanya, i la responsabilitat de SNOMED CT a nivell català recau sobre l’OFSTI (Oficina d’Estàndards i Interoperabilitat) de la fundació TicSalut. El CCI-TCM dóna suport a l’OFSTI, centres proveïdors, empreses i administracions, en el desplegament i la implantació de la terminologia, tant a Catalunya com a d’altres CCAA (Comunitats Autònomes). A la plana web del CCI-TCM es poden consultar els diferents projectes en els quals el grup està involucrat: línia terminologia.

El CCI-TCM ha realitzat un manual d’usuari pel navegador de SNOMED CT CliniClue Xplore. Aquesta eina lliure permet realitzar cerques i consultes de conceptes, així com navegar per l’estructura de la terminologia a través d’un arbre. El manual, en català i castellà, es pot trobar a la secció de publicacions del web del CCI-TCM. També està disponible en forma de vídeo-tutorial a la part de vídeos.

Entrades relacionades:

La semàntica a salut (I)

La semàntica a salut (II)

Llegir en català

La semántica en salud (III)

En los anteriores posts sobre semántica en salud se han presentado los distintos tipos de vocabularios que existen, desde dos puntos de vista: su uso en los sistemas de información y su estructura y objetivo.

Esta entrada conformará una introducción a uno de los vocabularios controlados, una terminología clínica de interface y/o de referencia: SNOMED CT (Systematized Nomenclature of Medicine-Clinical Terms).

El estándar semántico abarca distintos dominios del ámbito sanitario, es internacional, multilenguaje y utiliza componentes para modelar la realidad: conceptos, descripciones, relaciones, etc. SNOMED CT está diseñado, específicamente, para representar, e identificar de manera única, el contenido de los documentos clínicos y su significado en los SI (Sistemas de Información). Esta característica implica que se pasa del formato típico, con un código y una descripción, a una estructura elaborada con múltiples campos, que se materializa en una Base de Datos (BBDD) típicamente relacional. La terminología clínica no es un catálogo que vayan a usar directamente los profesionales asistenciales, es necesario implantarla en los SI.

La complejidad de SNOMED CT también se debe a su tamaño, ya que contiene (según fuentes del 2008):

  • Más de 300.000 conceptos.
  • Más de 700.000 descripciones.
  • Más de 900.000 relaciones.

Para combatir este inconveniente, la terminología clínica cuenta con los llamados subconjuntos: agrupaciones de componentes con un propósito determinado. No es necesario utilizar todo el estándar, solo lo que se requiere, trabajando por dominios y centrando esfuerzos. La siguiente entrada terminológica tratará con más detalle los subconjuntos y los mapeos (correspondencias entre SNOMED CT y otros vocabularios controlados) de SNOMED CT.

Los conceptos en SNOMED CT son la unidad mínima de significado, cada uno tiene dos o más descripciones, que pueden ser de tres tipos distintos:

  • FSN: Fully Specified Name. Es la descripción más formal que obligatoriamente tiene cada concepto. Este tipo de literales se caracterizan por incluir, entre paréntesis, el eje o subeje del cual cuelga el concepto.
  • PT: Preferred Term o Terme Preferit. Corresponde a la descripción más amigable, la que verían los profesionales. Cada concepto tiene que tener una.
  • SIN: Sinónimos opcionales que pueden tener los conceptos.

El estándar también presenta relaciones entre conceptos, las cuales permiten conformar una estructura jerárquica y aportan información adicional.

La figura siguiente muestra la información de un concepto de SNOMED CT:

Concepte de SNOMED CT

Se observa el concepto que representa la alergia al polen, que tiene como identificador único (ConceptId) 300910009 y dos descripciones, una FSN “alergia al polen (trastorno)” y una PT “alergia al polen”. Todos los componentes dentro de SNOMED CT tienen un identificador único. En el ejemplo anterior también se puede ver el DescriptionID de la descripción FSN: 1367836016. A demás, la imagen muestra las relaciones que tiene el concepto:

  • La jerárquica “es_un[a]” que indica el padre del concepto: “alergia a sustancia“.
  • La definitoria, que relaciona en este caso la alergia con su agente causal.

Por último destacar la existencia de los calificadores, conceptos que se pueden aplicar al concepto principal para añadir información (como la severidad de una enfermedad o el curso clínico de un episodio).

 

SNOMED CT se organiza en 19 ejes de alto nivel o jerarquías, y se puede representar en forma de árbol. Todos los conceptos de la terminología, excepto la raíz, tienen uno o más padres, y pueden tener varios hijos. De esta manera, la jerarquía es múltiple en ambos sentidos. Los ejes principales se pueden ver como los diferentes dominios que contempla SNOMED CT:

El vocabulario controlado fue creado por el CAP (colegio de patólogos americano), inicialmente solo contenía conceptos de anatomía patológica. Como se observa en la figura anterior, actualmente presenta una gran diversidad. La evolución de SNOMED CT está marcada por las fechas siguientes:

  • 1965 SNOP creada por el CAP.
  • 1974 SNOMED.
  • 1979 SNOMED II.
  • 1993 SNOMED versión 3.0.
  • 1998 SNOMED versión 3.5.
  • 1999 SNOMED Reference Terminology (RT).
  • 1999 Alianza entre CAP y UK para fusionar SNOMED RT y CTV3.
  • 2002 SNOMED CT primera versión.
  • 2002 SNOMED CT primera edición española (ES-ARG).
  • 2007 Transferencia de SNOMED CT a IHTSDO.
  • 2009 España entra en la IHTSDO.

 

IHTSDO (International Health Terminology Standards Development Organisation) es la entidad sin ánimo de lucro, y con sede en Dinamarca, que actualmente distribuye, mantiene, gestiona, tiene los derechos, etc. de SNOMED CT a nivel mundial. Los miembros de la organización son países, los representantes de los cuales se denominan NRC (National Release Center). El MSSSI (Ministerio de Sanidad, Servicios Sociales e Igualdad) es el NRC de España, y la responsabilidad de SNOMED CT a nivel catalán recae en la OFSTI (Oficina d’Estàndards i Interoperabilitat) de la fundación TicSalut. El CCI-TCM da suporte a la OFSTI, centros proveedores, empresas y administraciones, en el despliegue y la implantación de la terminología, tanto en Cataluña como en otras CCAA (Comunidades Autónomas). En la web del CCI-TCM se pueden consultar los proyectos en los que participa el grupo: línea terminología.

El CCI-TCM ha realizado un manual de usuario para el navegador de SNOMED CT CliniClue Xplore. Esta herramienta libre permite realizar búsquedas y consultas de conceptos, así como navegar por la estructura de la terminología a través de un árbol. El manual, en catalán i castellano, se puede encontrar en la sección de publicaciones de la web del CCI-TCM. También está disponible en forma de vídeo-tutorial en la parte de vídeos.

Entradas relacionadas:

La semántica en salud (I)

La semántica en salud (II)

Ariadna Rius

Publicat per Ariadna Rius

Enginyera Tècnica en Informàtica de Gestió i Màster en Enginyeria Informàtica, treballo al CCI com a responsable de la línia de Terminologia. El meu marc de treball és la interoperabilitat semàntica i estic especialitzada en SNOMED CT i els serveis de terminologia.