Arxius de l'autor: Albert Graupera

Albert Graupera

Sobre Albert Graupera

Enginyer Tècnic en Informàtica de Gestió, treballo al CCI-TCM en la línea de terminologia clínica, concretament amb SNOMED CT.

Pàgina web:

Publicada nova experiència de mans de l’ICS pel subconjunt d’immunitzacions al eCAP

Leer en castellano
Read It in English

Tenim una nova experiència que ens arriba de mans de l’ICS (Institut Català de la Salut). A finals d’aquest any tindran incorporat el subconjunt d’immunitzacions de SNOMED CT a l’estació clínica de treball d’atenció primària (eCAP).

Aquest canvi afectarà a tots els centres que utilitzen el sistema d’estació de treball eCAP, i en un futur proper també s’implantarà a l’atenció hospitalària.

Paral·lelament, s’està treballant perquè amb la incorporació d’aquest nou mòdul, pugui ser una primera experiència de publicació d’immunitzacions a l’HC3 amb SNOMED CT.


Apartat experiències SNOMED CT

Llegir en català
Read It in English

Tenemos una nueva experiencia que nos llega de manos del ICS (Institut Català de la Salut). A finales de este año tendrán incorporado el subconjunto de inmunizaciones de SNOMED CT a la estación clínica de trabajo de atención primaria (eCAP).

Este cambio afectará a todos los centros que utilicen el sistema de estación de trabajo eCAP, y en un futuro cercano también se implantará en la atención hospitalaria.

Paralelamente, se está trabajando por que con la incorporación de este nuevo módulo, pueda ser una primera experiencia de publicación de inmunizaciones en la HC3 con SNOMED CT.

Apartado experiencias SNOMED CT

This post is only available in Catalan and Spanish:
Llegir en català (Read it in Catalan)
Leer en castellano (Read it in Spanish)

SNOMED CT (III)

Leer en castellano

La semàntica a salut (V)

Amb aquesta nova entrada, es fa una continuació del conjunt de posts publicats sobre SNOMED CT i la semàntica a salut.

En l’últim post havíem vist els subconjunts de SNOMED CT, on s’explicava el seu ús, funcionament, i tipus que podem trobar.

En aquesta cinquena entrada, es presenta el que coneixem com a conjunts de referència creuada (mapejos). Aquesta funcionalitat permet establir una equivalència entre diferents termes de la terminologia SNOMED CT cap a un altre vocabulari controlat. Gràcies a aquesta funcionalitat, es pot utilitzar SNOMED CT com a terminologia de referència.

És molt freqüent trobar catàlegs propis a diferents centres assistencials, de manera que per poder intercanviar la informació entre ells, o explotar la informació de manera global, és necessari mapejar-los a SNOMED CT. D’aquesta manera es permet seguir treballant internament amb el propi catàleg, i utilitzar l’estàndard pels intercanvis externs.

Alhora de crear les equivalències entre els termes de l’estàndard amb el catàleg local, es poden trobar diferent tipus de relacions:

– U a u: d’un terme del catàleg local a un terme de SNOMED CT.

– D’un a varis: d’un terme de SNOMED CT a varis termes junts del catàleg local.

– D’un a varis: cas invers a l’anterior, on varis termes (junts) del catàleg local, equivalen a un terme de SNOMED CT. Aquest cas no és permès a SNOMED CT, de manera que només un concepte alhora es pot veure mapejat.

– Alternatives: quan un terme del catàleg local pot ser mapejat a més d’un terme de SNOMED CT (de forma separada), es poden establir correspondències alternatives. De cara a l’usuari, caldrà decidir a quin concepte es vol mapejar.

 

De forma gràfica:

Tipus de mapeig SNOMED CT                   Altre catàleg
U a u
D’un a varis
Varis a un No permès a SNOMED CT
Alternatives

o

 

Exemples:

Tipus de mapeig SNOMED CT Altre catàleg
U a u “alergia al cinc (trastorno)” “alergia al cinc”
D’un a varis “alergia al cinc (trastorno)” “alergia” + “cinc”
Varis a un

No permès a SNOMED CT

“estado alergico (trastorno)” + “alimento (sustancia)” “alergia alimentaria”
 

Alternatives

 

“alergia alimentaria (trastorno)”

“alergia a un alimento”

o

“alergia alimentaria”

A part de la cardinalitat, cal tenir en compte que cada fitxer de mapeig relacionarà la terminologia de referència SNOMED CT, amb un únic vocabulari controlat de destí. En cas que un centre utilitzi diferents catàlegs propis, caldrà definir tants fitxers de mapejos com catàlegs es vulguin mapejar.

L’IHTSDO proporciona al descarregar la versió INT de SNOMED CT, uns mapejos ja treballats per relacionar SNOMED CT i la CIE-9-MC (únicament de diagnòstics, no de procediments), i SNOMED CT amb la CIE-O. Actualment també estan treballant per poder oferir el mapeig amb la CIE-10 i una taula d’integració amb LOINC actualitzada.

SNOMED CT no té cap tipus de restricció en quan a la grandària del fitxer de mapejos. Per exemple, en cas de tenir una segona terminologia de referència, es podrien mapejar els 400.000 conceptes de SNOMED CT contra ella.

A la propera entrada terminològica es presentarà l’historial de SNOMED CT.

Entrades relacionades:

La semàntica a salut (I)

La semàntica a salut (II)

La semàntica a salut (III)

La semàntica a salut (IV)

Llegir en català

La semántica en salud (V)

Con esta nueva entrada, se continúa el conjunto de entradas publicadas sobre SNOMED CT y la semántica en salud.

En el último post habíamos visto los subconjuntos de SNOMED CT y se explicaba su uso, funcionamiento, y los tipos que podemos encontrar.

En esta quinta publicación se presenta lo que conocemos como conjuntos de referencia cruzada (mapeos). Esta funcionalidad permite establecer una equivalencia entre diferentes términos de la terminología SNOMED CT hacia otro vocabulario controlado. Gracias a esta funcionalidad, se puede utilizar SNOMED CT como terminología de referencia.

Es muy frecuente encontrar catálogos propios en diferentes centros asistenciales, de manera que para intercambiar la información entre ellos, o explotar la información de manera global, es necesario mapearlos a SNOMED CT. De esta manera se puede seguir trabajando internamente con el catálogo própio, y utilizar el estándar para los intercambios externos.

A la hora de crear las equivalencias entre los términos del estándar con el catálogo local, se pueden encontrar diferentes tipos de relaciones:

– Uno a uno: de un término del catálogo local a un término de SNOMED CT.

– De uno a varios: de un término de SNOMED CT a varios términos juntos del catálogo local.

– De uno a varios: caso inverso al anterior, donde varios términos (juntos) del catálogo local, equivalen a un término de SNOMED CT. Este caso no es permitido en SNOMED CT, de manera que solo in concepto a la vez puede estar mapeado.

– Alternativas: cuando un término del catálogo local puede ser mapeado a más de un término de SNOMED CT (de forma separada), se pueden establecer correspondencias alternativas. De cara al usuario, se decidirá a que concepto se quiere mapear.

 

De forma gráfica:

Tipos de mapeo SNOMED CT                   Otro catálogo
Uno a uno
Uno a varios
Uno a varios No permitido en SNOMED CT
Alternativas

o

 

Ejemplos:

Tipo de mapeo SNOMED CT Otro catálogo
Uno a uno “alergia al cinc (trastorno)” “alergia al cinc”
Uno a varios “alergia al cinc (trastorno)” “alergia” + “cinc”
Uno a varios

No permitido en SNOMED CT

“estado alergico (trastorno)” + “alimento (sustancia)” “alergia alimentaria”
 

Alternativas

 

“alergia alimentaria (trastorno)”

“alergia a un alimento”

o

“alergia alimentaria”

A parte de la cardinalidad, es necesario tener en cuenta que cada fichero de mapeo relacionará la terminología de referencia SNOMED CT, con un único vocabulario controlado de destino. En caso de que un centro utilice diferentes catálogos propios, será necesario definir tantos ficheros de mapeos como catálogos se quieran mapear.

IHTSDO proporciona al descargar la versión INT de SNOMED CT unos mapeos ya trabajados para relacionar SNOMED CT con la CIE-9-MC (únicamente los diagnósticos, no los procedimientos) y con la CIE-O. Actualmente también están trabajando para poder ofrecer el mapeo con la CIE-10 y la tabla de integración actualizada de LOINC.

SNOMED CT no tiene ningún tipo de restricción en cuanto a las dimensiones del fichero de mapeos. Por ejemplo, en caso de tener una segunda terminología de referencia, se podrían mapear los 400.000 conceptos de SNOMED CT contra ella.

En la próxima entrada terminológica se presentara el historial de SNOMED CT.

Entradas relacionadas:

La semántica en salud (I)

La semántica en salud (II)

La semántica en salud (III)

La semántica en salud (IV)

This post is only available in Catalan and Spanish:
Llegir en català (Read it in Catalan)
Leer en castellano (Read it in Spanish)

Estadístiques bloc 2013

Leer en castellano

Amb l’objectiu d’analitzar l’activitat del bloc del CCI durant el 2013, i comparar-la amb la del 2012, s’ha consultat Google Analytics i s’han resumit les dades més significatives en aquesta entrada:

Al llarg del 2013 el Centre de Competències d’Integració ha publicat 28 posts obtenint una mitjana de 2,5 posts mensuals. Aquest nombre ha disminuït lleugerament respecte l’any anterior, en què es van publicar 3 posts al mes de mitjana, però es segueix conservant la periodicitat quasi setmanal.

A la temàtica de les entrades ha predominat l’explicació de participacions del centre a diferents jornades, congressos i tallers però també s’han realitzat publicacions sobre estàndards, eines i tecnologies en l’àmbit dels entorns d’integració i de la terminologia.

D’entre els indicadors d’activitat analitzats es destaca el temps mitjà d’estada dels lectors al bloc, el qual volta els 3 minuts i mig, així com el total de visites rebudes: 2073 que es corresponen amb el 19% del total de visites als blocs del Tecnocampus. Els rebots que ha tingut el bloc han estat d’un 2%, aquesta dada indica el nombre de visitants que han abandonat el bloc des de la mateixa pàgina d’entrada i l’objectiu és reduir-la al màxim.

La taula següent resumeix les dades destacades comparant-les amb les de l’any anterior:

2012 2013
Nombre de publicacions 33 28
Visites totals 2018 2073
% de visites al bloc del CCI respecte les totals als blocs del TCM 22% 19%
Durada mitjana visita 4:36 3:35
Taxa de rebot 3% 2%

Com es pot observar, s’han publicat menys entrades al bloc i el temps d’estada ha disminuït però ha augmentat el nombre de visites i s’ha minimitzat la taxa de rebot.

Aquest 2014 seguirem treballant per oferir continguts útils; en aquest sentit us animem a escriure comentaris suggerint temes d’interès i/o amb observacions sobre les entrades actuals.

Gràcies a tots per llegir-nos i recordar-vos que podeu seguir l’activitat del grup també a Twitter (@CCI_TCM) i Facebook (Centre de Competències d’integració).

Llegir en català

Con el objetivo de analizar la actividad del blog del CCI durante el 2013, y compararla con la del 2012, se ha consultado Google Analytics y se han resumido los datos más significativos en esta entrada:

A lo largo de 2013 el Centro de Competencias de Integración ha publicado 28 posts obteniendo una media de 2,5 post mensuales. Este número ha disminuido ligeramente respecto el año anterior, en qué se publicaron 3 posts al mes de media, pero se sigue manteniendo la periodicidad casi semanal.

En la temática de las entradas ha predominado la explicación de participaciones del centro en diferentes jornadas, congresos y talleres pero también se han realizado publicaciones sobre estándares, herramientas y tecnologías del ámbito de los entornos de integración y de la terminología.

Dentro los indicadores de actividad analizados se destaca el tiempo medio de estada de los lectores en el bloc, el cual ronda los 3 minutos y medio, así como el total de visitas recibidas: 2073 que se corresponden con el 19% del total de visitas a los blogs del Tecnocampus. Los rebotes que ha tenido el blog han sido de un 2%, este dato indica el número de visitantes que han abandonado el blog desde la página de entrada y el objetivo es reducirlo al máximo.

La siguiente tabla resume los datos destacados comparándolos con los del año anterior:

2012 2013
Número de publicaciones 33 28
Visitas totales 2018 2073
% de visitas al bloc del CCI respecto las totales a los blocs del TCM 22% 19%
Durada media de visita 4:36 3:35
Tasa de rebote 3% 2%

Como se puede observar, se han publicado menos entradas en el blog y el tiempo de estada ha disminuido pero ha aumentado el número de visitas y se ha minimizado la tasa de rebotes.

Este 2014 seguiremos trabajando para ofrecer contenidos útiles; en este sentido os animamos a escribir comentarios sugiriendo temas de interés y/o con observaciones sobre las entradas actuales.

Gracias a todos por leernos y recordaros que podéis seguir la actividad del grupo también en Twitter (@CCI_TCM) y Facebook (Centre de Competències d’integració).

This post is only available in Catalan and Spanish:
Llegir en català (Read it in Catalan)
Leer en castellano (Read it in Spanish)

Manual d’usuari de CliniClue Xtend

Leer en castellano

CliniClue Xtend és una senzilla eina desenvolupada per The Clinical Information Consultancy Ltd, que permet convertir els fitxers .txt de SNOMED CT en format estàndard que proporciona IHTSDO, al format propietari que requereix CliniClue Xplore (ClueData).

Com a requeriments previs al seu ús, cal registrar-se de forma gratuïta al web de CliniClue, i tenir instal·lada la última versió del CliniClue Xplore i de CliniClue Xtend.

L’eina s’utilitza:

  • Després d’instal·lar l’eina, verificar que l’estructura de carpetes “cluedata”, db” i “source” existeixen dins del directori “CicFactory” que s’ha creat amb la instal·lació. Quedant de la següent forma:

  • Un cop fet, col·locar a la carpeta “cluedata” tots els fitxers que composen la versió internacional en format “Cluedata”, i la versió que es vol convertir a la carpeta “source” (aquest últim amb format estàndard IHTSDO). Cal que es conservi l’estructura de les subcarpetes internes de la terminologia tals com “Subsets”, “Terminology”… en cas que falti alguna d’elles, s’ha de crear manualment sense contingut.

  • Completar els camps necessaris com el nom de la nova edició, i iniciar la conversió, aquesta pot tardar en acabar-se.
  • El resultat serà un fitxer en format ZIP, que s’importarà des de l’eina CliniClue Xplore.
  • Un cop obert el CliniClue Xplore, seguir els passos:
    • File -> CliniClue Online Update -> Update from a File -> Browse.

  • Importar.
  • File -> SNOMED CT Edition Selector -> Editions -> Seleccionar l’edició desitjada -> Apply.

Automàticament es reiniciarà CliniClue i ja estarà disponible la nova edició per treballar amb ella.

Vídeo tutorial:

YouTube Preview Image

 

Manual de l’eina CliniClue Xplore:
http://www.slideshare.net/cci_tcm/manual-dusuari-clini

Llegir en català

CliniClue Xtend es una sencilla herramienta desarrollada por The Clinical Information Consultancy Ltd, que permite convertir los ficheros .txt de SNOMED CT en formato estándar que proporciona IHTSDO, al formato propietario que requiere CliniClue Xplore (ClueData).

Como a requerimientos previos a su uso, es necesario registrarse de forma gratuita en la web de CliniClue, tener instalada la última versión de CliniClue Xplore y  de CliniClue Xtend.

La herramienta se utiliza:

  • Después de instalar la herramienta, verificar que la estructura de carpetas “cluedata”, “db” y “source” existen dentro el directorio “CicFactory” que se ha creado con la instalación. Quedando con la siguiente forma:

  • Una vez hecho, colocar en la carpeta “cluedata” todos los ficheros que componen la versión internacional en formato “Cluedata”, y la versión que se quiere convertir en la carpeta “source” (este último en formato estándar IHTSDO). Es necesario que se conserve la estructura de las subcarpetas internas de la terminología como las “Subsets”, “Terminology”… en caso que falte alguna de ellas, se tiene que crear manualmente sin contenido.

  • Completar los campos necesarios como el nombre de la nueva edición, e iniciar la conversión, esta puede tardar en acabarse.
  • El resultado será un fichero en formato ZIP, que se importará des de la herramienta CliniClue Xplore.
  • Una vez abierto el CliniClue Xplore, seguir los pasos:
    • File -> CliniClue Online Update -> Update from a File -> Browse.

  • Importar.
  • File -> SNOMED CT Edition Selector -> Editions -> Seleccionar la edición deseada -> Apply.



Automáticamente se reiniciara CliniClue y ya estará disponible la nueva edición para trabajar con ella.

Vídeo tutorial:
YouTube Preview Image

Manual de usuario de CliniClue Xplore:
http://www.slideshare.net/cci_tcm/manual-usuario-clinicluecast

SNOB (SNOmed Browser)

Leer en castellano

Aquet post no vol ser un manual, el que vol és mostrar les funcionalitats que té l’aplicació.

SNOB és un software gratuït que permet la navegació pel contingut de SNOMED CT, i proporciona unes funcionalitats molt útils per treballar amb aquest vocabulari. L’eina permet importar qualsevol versió de la terminologia.

Per explicar SNOB, en dividirem la interfície en quatre zones:

1. El cercador.

2. El navegador del contingut de SNOMED CT.

3. La informació del concepte.

4. Pissarra per col·locar-hi part del navegador SNOMED CT.

La navegació la permet realitzar mitjançant un cercador amb un camp de text (1), al qual se li pot indicar un/s mot/s o bé el conceptId, i ens mostrarà les coincidències, o bé navegant per l’arbre jeràrquic (2), on es mostrarà tota la informació referent aquell concepte al centre de la pantalla, i a l’extrem inferior esquerra (3).

La zona inferior dreta (4), està destinada a col·locar-hi part de la jerarquia que ens interessi, per poder treballar paral·lelament amb dues jerarquies i poder fer consultes a SNOMED CT més eficients i precises.

Les principals funcionalitats que proporciona l’aplicació són:

– Duplicar la pantalla per tal de treballar amb dues interfícies simultàniament (spawn), ja sigui amb la mateixa o diferent BBDD. Automàticament manté el paral·lelisme amb les interfícies, és a dir, si es selecciona un concepte a la interfície A, quedarà seleccionat també a la B.

– Permet la creació i gestió de subsets de SNOMED CT. Es pot crear un subconjunt i assignar-hi tants conceptes com es vulgui de forma senzilla, i treballar amb tots o únicament amb els conceptes que es trobin dins el subset actiu. Posteriorment, es pot exportar el llistat que el forma en format CSV, amb l’estructura estàndard.

– La versió internacional de SNOMED CT, té el mapeig entre SNOMED CT i la CIM-9-MC. Aquest conjunt de referències creuades pot ser importat a SNOB i es podran consultar les correspondències que el conformen. Per exemple si busquem el concepte 229706001, veiem:

– La post-coordinació serveix per donar un valor als atributs que tingui associats a un concepte, i mostrar la sintaxi de l’expressió clínica resultant. Per exemple assignem valors als atributs del concepte:

Resultat en forma d’expressió:

– Facilita l’enviament de comentaris d’un concepte via e-mail, adjuntant tota la informació de la BBDD que s’utilitza i la versió de SNOMED CT importada.

– A cada concepte es pot assignar una nota. I les notes podran estar agrupades per temes per tal de poder filtrar i cercar de forma ràpida un grup concret de conceptes/notes.

 

Obtenció de SNOB:

– Pàg. principal: http://snob.eggbird.eu/index.html

– Descàrrega: http://snob.eggbird.eu/download.html

 

Obtenció de SNOMED CT:

Per obtenir SNOMED CT es pot visitar la web de l’OFSTI (Oficina d’Estàdnards i Interoperabilitat) de la Fundació TicSalut, en el cas de Catalunya (versions internacionals INT i ES-ARG i extensió catalana):

http://www.gencat.cat/salut/ticsalut/html/ca/dir3475/index.html

O la del MSSSI (Ministerio de Sanidad, Servicios Sociales e Igualdad) en l’àmbit espanyol (versions internacionals INT i ES-ARG):

http://www.msps.es/profesionales/hcdsns/areaRecursosSem/snomed-ct/areaDescarga.htm

En qualsevol d’ambdues planes es proporcionarà un formulari per sol·licitar la llicència de SNOMED CT.

El CCI-TCM (Centre de Competències d’Integració de la fundació Tecnocampus Mataró-Maresme) ha redactat un manual d’usuari de SNOB. A l’apartat de publicacions del web del CCI-TCM es poden trobar altres manuals, com el del navegador de SNOMED CT CliniClue  Xplore.

Llegir en català

Este post no quiere ser un manual, lo que quiere es mostrar las funcionalidades que tiene la aplicación.

SNOB es un software gratuito que permite la navegación por el contenido de SNOMED CT, y proporciona unas funcionalidades muy útiles para trabajar con este vocabulario. La herramienta permite importar cualquier versión de la terminología.

Para explicar SNOB, dividiremos la interfaz en cuatro zonas:

1. El buscador.

2. El navegador del contenido de SNOMED CT.

3. La información del concepto.

4. Pizarra para colocar parte del navegador SNOMED CT.

La navegación la permite realizar mediante un buscador con un campo de texto (1), al cual se le puede indicar una/s palabra/s o bien el conceptId, y nos mostrará las coincidencias, o bien navegando por el árbol jerárquico (2), donde se mostrará toda la información referente a aquel concepto en el centro de la pantalla, y en el extremo inferior izquierda (3).

La zona inferior derecha (4), está destinada a colocar parte de la jerarquía que nos interese, para poder trabajar paralelamente con dos jerarquías y poder hacer consultas a SNOMED CT más eficientes y precisas.

Las principales funcionalidades que proporciona la aplicación son:

– Duplicar la pantalla para trabajar con dos interfaces simultáneamente (spawn), ya sea con la misma o diferente BBDD. Automáticamente mantiene el paralelismo con las interfaces, es decir, si se selecciona un concepto en la interfaz A, quedará seleccionado también en la B.

– Permite la creación y gestión de subsets de SNOMED CT. Se puede crear un subconjunto y asignar tantos conceptos como se quiera de forma sencilla, y trabajar con todos o únicamente con los conceptos que se encuentren dentro del subset activo. Posteriormente, se puede exportar el listado que lo forma en formato CSV, con la estructura estándar.

– La versión internacional de SNOMED CT, tiene el mapeo entre SNOMED CT y la CIM-9-MC. Este conjunto de referencias cruzadas puede ser importado a SNOB y se podrán consultar las correspondencias que lo conforman. Por ejemplo si buscamos el concepto 229706001, vemos:

– La post-coordinación sirve para dar un valor a los atributos que tenga asociados un concepto, y mostrar la sintaxis de la expresión clínica resultante. Por ejemplo asignamos valores a los atributos del concepto:

Resultado en forma de expresión:

– Facilita el envío de comentarios de un concepto vía e-mail, adjuntando toda la información de la BBDD que se utiliza y la versión de SNOMED CT importada.

– A cada concepto se puede asignar una nota. Y las notas podrán estar agrupadas por temas para poder filtrar y buscar de forma rápida un grupo concreto de conceptos/notas.

 

Obtención de SNOB:

– Pág. principal: http://snob.eggbird.eu/index.html

– Descarga: http://snob.eggbird.eu/download.html

 

Obtención de SNOMED CT:

Para obtener SNOMED CT se puede visitar la web de la OFSTI (Oficina d’Estàndards i Interoperabilitat) de la Fundació TicSalut, en el caso de Cataluña (versiones internacionales INT y ES-ARG y extensión catalana):

http://www.gencat.cat/salut/ticsalut/html/ca/dir3475/index.html

O la del MSSSI (Ministerio de Sanidad, Servicios Sociales e Igualdad) en el ámbito español (versiones internacionales INT i ES-ARG):

http://www.msps.es/profesionales/hcdsns/areaRecursosSem/snomed-ct/areaDescarga.htm

En cualquier de ambas planas se proporcionará un formulario para solicitar la licencia de SNOMED CT.

El CCI-TCM (Centre de Competències d’Integració de la fundació Tecnocampus Mataró-Maresme) ha redactado un manual de usuario de SNOB. En el apartado de publicacions de la web del CCI-TCM se pueden encontrar otros manuales, como el del navegador de SNOMED CT CliniClue Xplore.

Manual d’usuari de CliniClue Xplore, ara també en format vídeo tutorial

Leer en castellano

CliniClue Xplore és una eina gratuïta que serveix cercar i navegar pel contingut de les diferents versions de SNOMED CT. L’eina també permet fer post-coordinació, és a dir, unir varis conceptes per crear un significat nou o més específic.

El CCI va crear un manual que mostra com obtenir i usar l’eina, i ara l’ha complementat amb contingut multimèdia.

Aquest contingut multimèdia està dividit amb sis vídeos-tutorial que es poden trobar en català, castellà i anglès. Els vídeos son:

Descàrrega i instal·lació de CliniClue Xplore: Mostra com descarregar i instal·lar CliniClue Xplore, permetent usar diferents versions de SNOMED CT. (Vídeo)

Entorn: Vídeo que mostra l’entorn de CliniClue Xplore, les diferents zones que el composen i els botons  d’accés ràpid. (Vídeo)

Navegació: Manual sobre la navegació de SNOMED CT usant CliniClue Xplore.
(Vídeo)

Cerca: Vídeo sobre les diferents maneres que ofereix CliniClue Xplore per cercar conceptes a SNOMED CT. (Vídeo)

Interfície: Explica com personalitzar la interfície de CliniClue Xplore i crear comentaris per conceptes. (Vídeo)

Menú: Manual que detalla les funcionalitats que ofereix el menú de l’aplicació CliniClue Xplore: canviar la versió de SNOMED CT, exportar conceptes a format HTML, etc. (Vídeo)

El manual es pot trobar a
http://www.gencat.cat/salut/ticsalut/html/ca/dir3480/manual_usuari_cliniclue_cat.pdf,

i el contingut multimèdia també es pot veure a
http://www.tecnocampus.cat/web/empreses/videos.

Llegir en català

CliniClue Xplore es una herramienta gratuita que sirve para buscar y navegar por el contenido de las diferentes versiones de SNOMED CT. La herramienta también permite hacer post-coordinación, es decir, unir varios conceptos para crear un significado nuevo o más especifico.

El CCI creó un manual que muestra cómo obtener y usar la herramienta, y ahora lo complementa con contenido multimedia.

Este contenido multimedia está dividido en seis videos-tutoriales que se pueden encontrar en catalán, castellano i inglés. Los videos son:

Descarga y instalación de CliniClue Xplore: Muestra como descargar y instalar CliniClue Xplore, permite usar diferentes versiones de SNOMED CT. (Video)

Entorno: Video que muestra el entorno de CliniClue Xplore, las diferentes zonas que componen y los botones de acceso rápido. (Video)

Navegación: Manual sobre la navegación de SNOMED CT usando CliniClue Xplore.(Video)

Búsqueda: Video sobre las diferentes formas que ofrece CliniClue Xplore para buscar conceptos en SNOMED CT. (Video)

Interface: Explica como personalizar la interface de CliniClue Xplore y crear comentarios para conceptos. (Video)

Menú: Manual que detalla las funcionalidades que ofrece el menú de la aplicación CliniClue Xplore: cambiar la versión de SNOMED CT, exportar conceptos a formato HTML, etc… (Video)

El manual se puede encontrar en
http://www.gencat.cat/salut/ticsalut/html/ca/dir3480/manual_usuari_cliniclue_cat.pdf,
y el contenido multimedia también se puede ver en
http://www.tecnocampus.cat/web/empreses/videos.

La semàntica a salut (II)

Leer en castellano

Com s’anunciava a l’entrega anterior “La semàntica a salut (I)”, s’explicarà una altra classificació del vocabulari controlat, en funció del seu objectiu i de l’estructura que presenta.

En el vocabulari controlat cada concepte té assignat un identificador únic (ID), que no es repeteix en cap altre cas, com un DNI per les persones. S’entén com a concepte cadascuna de les unitats de significat que té la codificació. L’assignació d’aquests IDs es realitza de manera diferent depenent del tipus de codificació que s’utilitza, pot ser seqüencial, mitjançant algoritmes, per grups i subgrups, per zones geogràfiques, etc. o per una combinació d’aquestes, per exemple:

01 007 00241

– 2 dígits pel grup (01)
– 3 dígits pel subgrup (007)
– 5 dígits seqüencials (00241)

A l’identificador es pot assignar un dígit de control, el qual es genera a partir d’un algoritme fixat, i servirà per verificar que la cadena de dígits introduïda és correcta. Per exemple afegir a l’ID el primer decimal resultant de l’operació de sumar tots els nombres de l’identificador i dividir-lo entre 3:

01 007 00241 = 15 15/3=5,0

ID final: 01 007 00241 0

Els conceptes poden estar relacionats entre ells per tal de formar nous significats, el grau de complexitat d’aquestes relacions vindrà donat pel tipus de codificació que s’usi. El més senzill seran llistats sense relacions, on els termes poden estar agrupats a través dels  identificadors. En els complexes, cada concepte estarà relacionat amb un o varis antecessors i/o predecessors (el que es coneix com  estructura d’arbre), i permetran a l’usuari la unió de diferents termes per especificar o per la creació de nous significats.

Els principals tipus de codificació són:

Catàleg

Llistat agrupat i enumerat de manera lògica dels conceptes que composen el catàleg. Cada dígit indica a quin grup pertany aquell terme. Descriurà vacunes, documents, objectes…

Per exemple, CatSalut utilitza un catàleg per les vacunes (immunitzacions), amb la següent estructura:

D;Diftèria
T;Tètanus
P;Tos ferina
Polio;Poliomielitis
FG;Febre groga
(…)

Classificació

Sistema de categories a les que s’assigna conceptes d’acord amb els criteris establerts. Cada concepte té un codi alfanumèric que facilita la seva explotació. En el cas de la CIE, el primer dígit indica a quin grup pertany cada concepte, i la resta l’identifiquen.

A33 Malalties bacterianes, Tètanus
A36 Malalties bacterianes, Diftèria
A37 Malalties bacterianes, Tos ferina
(…)
Z24.0 Necessitat immunitzacions bacteriana, Poliomielitis
Z24.3 Necessitat immunitzacions bacteriana, Febre groga
(…)

Tesaurus

Llista amb els termes utilitzats per representar conceptes, temes o continguts dels documents, intentant utilitzar una normalització terminològica per facilitar la comunicació entre usuaris i unitats d’informació. El contingut d’un tesaurus està relacionat mitjançant jerarquies, equivalències i/o relacions associatives (estructura d’arbre com és el cas de la codificació COSTART).

–   Malalties bacterianes 

  • Tètanus
  • Diftèria
  • Tos ferina

–   Necessitat immunitzacions bacteriana

  • Poliomielitis
  • Febre groga

Ontologia

Llistat de conceptes classificats i lligats entre si, per ser tractats i manipulats informàticament. Dit d’altre manera, permetre el canvi de dades entre programes i simplificar la unificació de diferents representacions.

La ontologia es diferencia del tesaurus per la normalització dels conceptes, reutilització d’aquests, i aplicable fàcilment a una BBDD.

Un exemple d’ontologia és el MeSH.

–   Malalties bacterianes [C01.252] 

  • Tètanus [C01.252.410]
  • Diftèria [C01.252.440]
  • Tos ferina [C01.252.400]

–   Necessitat immunitzacions bacteriana [N06.850.780.680]

  • Poliomielitis [N06.850.780.680.160]
  • Febre groga [N06.850.780.680.380]

Terminologia clínica

Conjunt específic  de coneixement presentats de manera sistemàtica i d’un mateix àmbit. Ve a ser com un diccionari especialitzat o un glossari, on cada concepte estarà relacionat amb altres conceptes i amb diferents descripcions.

–   138875005|SNOMED CT|
–   87628006|enfermetat infecciosa bacteriana|
–   397428000|Diftèria|
–   76902006|tètanus|
–   59994004|tos ferina|
–   40733004|enfermetat infecciosa|
–   398102009|poliomielitis|
–   16541001|febre groga|

 

Així doncs, la relació de les classificacions comentades al post anterior amb les d’aquest, es troba en l’ús del vocabulari controlat, on s’utilitza pel vocabulari d’interfície i de sortida classificacions tals com tesaurus (HIBA), classificacions (CIE), terminologies clíniques (LOINC)…; i pel vocabulari de referència nomenclatures terminològiques (SNOMED CT per excel·lència).

Entrades relacionades:

La semàntica a salut (I)

La semàntica a salut (III)

Llegir en català

Como se anunciaba en la entrega anterior “La semántica a salud (I), se explicará otra clasificación del vocabulario controlado, en función de su objetivo y de la estructura que presente.

En el vocabulario controlado cada concepto tiene asignado un identificador único (ID), que no se repite en ningún otro caso, como el DNI en las personas. Se entiende como concepto cada una de las unidades de significado que tiene la codificación. La asignación de estos IDs se realiza de forma diferente dependiendo del tipo de codificación que se utiliza, puede ser secuencial, a partir de algoritmos, por grupos y subgrupos, zonas geográficas, etc. O por la combinación de varias, como por ejemplo:

01 007 00241

– 2 dígitos para el grupo (01)
– 3 dígitos para el subgrupo (007)
– 5 dígitos secuenciales (00241)

Al identificador se le puede asignar un digito de control, el cual se genera a partir de un algoritmo fijo, y servirá para verificar que la cadena de dígitos introducida es correcta. Por ejemplo añadir al ID el primer decimal resultante de la operación de sumar todos los números del identificador y dividirlos entre 3:

01 007 00241 = 15 15/3=5,0

ID final: 01 007 00241 0

Los conceptos pueden estar relacionados entre ellos para formar nuevos significados, el nivel de complejidad de estas relaciones vendrán dadas por el tipos de codificación que se utilice. El más sencillo serán listas sin relaciones, donde los conceptos puedes estar agrupados a través de los identificadores. En los complejos, cada concepto estará relacionado con uno o varios antecesores y/o predecesores (lo que se conoce como estructura de árbol), y permitirán al usuario la unión de diferentes conceptos para especificar o para crear nuevos significados.

Los principales tipos de codificación son:

Catálogo

Listado agrupado y enumerado de manera lógica de los conceptos que componen el catalogo. Cada digito indica a que grupo pertenece aquel concepto. Describirá vacunas, documentos, objetos…

Por ejemplo, CatSalut utiliza un catalogo para las vacunas (inmunizaciones), con la siguiente estructura:

D;Difteria
T;Tétanos
P;Tos ferina
Polio;Poliomielitis
FG;Fiebre amarilla
(…)

Classificación

Sistema de categorías en las que se asigna conceptos de acuerdo con los criterios establecidos. Cada concepto tiene un código alfanumérico que facilita su explotación. En el caso de la CIE, el primer digito indica a que grupo pertenece cada concepto, y el resto lo identifican.

A33 Malalties bacterianes, Tètanus
A36 Enfermedades bacterianas, Difteria
A37 Enfermedades bacterianas, Tos ferina
(…)
Z24.0 Necesidad inmunizaciones bacteriana, Poliomielitis
Z24.3 Necesidad inmunizaciones bacteriana, Fiebre amarilla
(…)

Tesauros

Lista con los términos utilizados para representar conceptos, temas o contenidos de los documentos, intentan utilizar una normalización terminológica para facilitar la comunicación entre usuarios y unidades de información. El contenido de un tesauros está relacionado mediante jerarquías, equivalencias y/o relaciones asociativas (estructura de árbol como es el caso de la codificación COSTART).

– Enfermedades bacterianas 

  • Tétanos
  • Difteria
  • Tos ferina

– Necesidad inmunizaciones bacteriana

  • Poliomielitis
  • Fiebre amarilla

Ontología

Listado de conceptos clasificados y ligados entre si, para ser tratados y manipulados informáticamente. Es decir, permiten el cambio de datos entre programas y simplificar la unificación de diferentes representaciones.

La ontología se diferencia del tesauros por la normalización de los conceptos, reutilización, y la facilidad de aplicarla a una BBDD. Un ejemplp de ontologia es MeSH.

– Enfermedades bacterianas [C01.252] 

  • Tétanos [C01.252.410]
  • Difteria [C01.252.440]
  • Tos ferina [C01.252.400]

– Necesidad inmunizaciones bacteriana [N06.850.780.680]

  • Poliomielitis [N06.850.780.680.160]
  • Fiebre amarilla [N06.850.780.680.380]

Terminología clínica

Conjunto especifico de conocimientos presentados de manera sistemática y de un mismo ámbito. Del estilo de un diccionario especializado o glosario, donde cada concepto estará relacionado con otros conceptos con diferentes descripciones.

– 138875005|SNOMED CT|
– 87628006| enfermedad infecciosa bacteriana |
– 397428000|Difteria|
– 76902006|tétanos|
– 59994004|tos ferina|
– 40733004| enfermetat infecciosa |
– 398102009|poliomielitis|
– 16541001|fiebre amarilla |

Podemos decir, que la relación de las clasificaciones comentadas en el post anterior con las de este, se encuentra en el uso del vocabulario controlado, donde se utiliza para el vocabulario de interface y de salida clasificaciones tales como tesauros (HIBA), clasificaciones (CIE), terminologías clínicas (LOINC)…; y para el vocabulario de referencia nomenclaturas terminológicas (SNOMED CT por excelencia).

Entrades relacionades:

La semántica en salud (I)

La semántica en salud (III)