Entrades classificades amb: CDA R2

Jornada LOINC

Leer en castellano

El passat dia 11 de juny es va realitzar la jornada sobre la terminologia de laboratori LOINC (Logical Observation Identifiers Names and Codes) a Barcelona (auditori edifici França al Passeig de la Circumval·lació). La sessió començà amb una benvinguda a càrrec d’en Francesc García Cuyàs (Coordinador General de les TIC del Departament de Salut i Director de la Fundació TicSalut), qui va donar pas a la intervenció de Carlos Gallego (Responsable de l’Oficina d’Estàndards i Interoperabilitat de la Fundació TicSalut) i Elisenda Carrau (Responsable de l’Àrea Funcional de l’iSalut). En aquesta primera part de l’esdeveniment es va fer una introducció a l’estàndard internacional LOINC i al seu ús a l’HC3 (Història Clínica Compartida de Catalunya):

LOINC és un vocabulari controlat amb més de 71.000 elements que s’utilitza principalment en l’àmbit de laboratori, però que a més de les proves també conté altres observacions clíniques, tipologies de documents, noms de seccions d’informes, etc. A l’HC3 s’ha contemplat l’ús de 280 proves comparables de laboratori amb les quals es cobreix la major part de l’activitat. Els informes de laboratori a HC3 s’han de començar a publicar de manera estructurada, utilitzant l’estàndard d’HL7 (Health Level Seven) CDA (Clinical Document Architecture) i la terminologia LOINC. Aquest requeriment permetrà desplegar el servei de proves comparables, gràcies al qual es poden consultar els resultats de laboratori d’un ciutadà per veure’n l’evolució d’una manera ràpida i directa. La imatge següent mostra una captura del visor d’HC3 on es poden veure els resultats de varis informes de laboratori i com es mostren els valors de les diferents proves comparables:

La publicació estructurada també permet consultar l’informe en format pdf, però afegeix la capacitat de comparar els resultats directament i agrupats per proves, garantint l’intercanvi coherent entre sistemes d’informació a diferents nivells assistencials. L’objectiu fixat per aquest 2013 és que s’arribin a publicar el 80% dels informes de laboratori en el nou format estructurat. L’HC3 ja està preparada per incorporar aquests informes i mostrar els resultats comparables.
També es requereix la publicació estructurada dels informes d’Anatomia Patològica i d’espirometria (utilitzant com a vocabulari SNOMED CT). Per transmetre les unitats de mesura es va indicar que l’estàndard a utilitzar és UCUM (Unified Code for Units of Measure).
La documentació sobre els informes estructurats i els serveis web de l’HC3 es poden consultar al portal web de documentació de l’HC3.
El catàleg amb les 280 proves comparables que s’utilitzen a l’HC3 es pot trobar al web de l’OFSTI, a la plana de recursos LOINC: http://www.ticsalut.cat/estandards/terminologia/recursos/loinc/, és el catàleg reduït de proves de Laboratori, LOINC (Catàleg HC3), versió del 26/10/2011.

La segona part de la sessió es va iniciar amb la participació de Ginger A. Baker (Chief of US Business Development de BITAC als EEUU) que realitzà una intervenció sobre LOINC a l’entorn del Meaningful Use. En aquest sentit es va explicar que el cost de la sanitat ha augmentat molt als EEUU degut, en bona part, a la manca d’informació que implica duplicitat de proves, actuacions innecessàries o inadequades, pràctiques obsoletes, etc. Per resoldre aquesta situació s’han emprès varies accions legislatives, entre elles les relatives a la interoperabilitat semàntica i a l’ús de la informació de manera que esdevingui realment útil i estigui disponible en temps real. Aquesta visió és el que es coneix com a Meaningful Use, en la qual els proveïdors de salut que reben pagaments del govern han de complir una sèrie de requeriments. En l’àmbit del laboratori, la terminologia de referència a utilitzar és LOINC. Malgrat fa varis anys que es va iniciar el procés de transformació descrit, encara queda molta feina per fer. Cal seguir treballant per fer entendre la importància de la interoperabilitat semàntica en general i el paper que hi juguen estàndards com LOINC o SNOMED CT. Un altre repte que es va destacar és aconseguir la implicació dels professionals assistencials i fer-los veure el valor afegit de la integració dels sistemes i de la interoperabilitat de la informació, tant en l’atenció als pacients com en la gestió dels serveis.

La jornada finalitzà amb el bloc d’experiències, format per les intervencions de Toni Mas (CEO de BITAC) i Gloria Soria (Adjunta a gerència del Laboratori de Referència de Catalunya, LRC):

Per presentar en més detall la terminologia LOINC es van explicar els sis eixos que la composen i que, combinats, descriuen cada prova de laboratori: component, propietat, temps, sistema, escala i mètode. També es va destacar que LOINC té varies jerarquies (o classes), perfils i que dels més de 71.000 elements que el composen i que estan identificats de manera única, uns 47.000 són de laboratori, la resta corresponen a altres àmbits complementaris. La presentació de BITAC finalitzà amb algunes recomanacions alhora de fer el mapeig entre catàlegs locals i LOINC, servei que l’empresa ofereix:

  • El mapeig per proximitat és un error, si un element no existeix a LOINC es pot sol·licitar la seva inclusió, però no s’aconsella mapejar-lo amb el que més se li assembla.
  • És imprescindible comptar amb la participació d’experts en el domini per fer el mapeig, ja que hi ha elements que semblen iguals però no ho són.
  • Els mapejos s’han de fer sempre a l’últim nivell de granularitat. És possible escalar de més nivell a menys però no a la inversa.
  • Sovint s’utilitza SNOMED CT per complementar LOINC (p.ex. prova de laboratori en LOINC i diagnòstic associat en SNOMED CT).
  • Quan es fa el mapeig del catàleg local a LOINC es solen descobrir proves duplicades, obsoletes, incongruents, etc. de manera que és una bona oportunitat per millorar el catàleg.

El bloc acabà amb l’experiència d’implantació de LOINC al LRC, des d’on, amb la participació de BITAC, es va mapejar el catàleg local a LOINC i es va implantar al seu sistema d’informació. En aquesta experiència es van reafirmar les recomanacions prèviament vistes i es va destacar l’ús de SNOMED CT en combinació amb LOINC. El manteniment del mapeig es du a terme des del LRC i actualment poden representar la major part de les proves que fan.

La clausura de la jornada es va realitzar per part de Maria Rovira (Oficina d’Estàndards i Interoperabilitat de la Fundació TicSalut, iSalut).

Al següent enllaç es pot consultar l’agenda de la sessió: programa.

Llegir en català

El pasado día 11 de junio se realizó la jornada sobre la terminología de laboratorio LOINC (Logical Observation Identifiers Names and Codes) en Barcelona (auditorio edificio França en el Passeig de la Circumval·lació). La sesión empezó con una bienvenida a cargo de Francesc García Cuyàs (Coordinador General de les TIC del Dpt. Salut i Director Fundació TicSalut), quin dio paso a la intervención de Carlos Gallego (Responsable de la Oficina d’Estàndards i Interoperabilitat de la Fundació TicSalut) y Elisenda Carrau (Responsable del Área Funcional del iSalut). En esta primera parte del evento se hizo una introducción al estándar internacional LOINC y su uso en la HC3 (Historia Clínica Compartida de Catalunya):

LOINC es un vocabulario controlado con más de 71.000 elementos que se utiliza principalmente para el ámbito de laboratorio, pero que además de las pruebas también contiene otras observaciones clínicas, tipologías de documentos, nombres de secciones de informes, etc. En la HC3 se ha contemplado el uso de 280 pruebas comparables de laboratorio con las que se cubre la mayor parte de la actividad. Los informes de laboratorio en HC3 se tienen que empezar a publicar de manera estructurada, utilizando el estándar de HL7 (Health Level Seven) CDA (Clinical Document Architecture) y la terminología LOINC. Este requerimiento permitirá desplegar el servicio de pruebas comparables, gracias al cual se pueden consultar los resultados de laboratorio de un ciudadano para ver su evolución de una manera rápida y directa. La imagen siguiente muestra una captura del visor de HC3 donde se pueden ver los resultados de varios informes de laboratorio y cómo se muestran los valores de las diferentes pruebas comparables:

La publicación estructurada también permite consultar el informe en formato pdf, pero añade la capacidad de comparar los resultados directamente y agrupados por pruebas, garantizando el intercambio coherente entre sistemas de información a diferentes niveles asistenciales. El objetivo fijado para este 2013 es que se lleguen a publicar el 80% de los informes de laboratorio en el nuevo formato estructurado. La HC3 ya está preparada para incorporar estos informes y mostrar los resultados comparables.
También se requiere la publicación estructurada de los informes de Anatomía Patológica y de espirometría (usando el vocabulario SNOMED CT). Para transmitir las unidades de medida se indicó que el estándar a utilizar es UCUM (Unified Code for Units of Measure).
La documentación sobre los informes estructurados y los servicios web de HC3 se pueden consultar en el portal web de documentación de la HC3.
El catálogo con las 280 pruebas comparables que se usan en HC3 se puede encontrar en la web de la OFSTI, en la página de recursos LOINC: http://www.ticsalut.cat/estandards/terminologia/recursos/loinc/, es el catálogo reducido de pruebas de laboratorio LOINC (Catálogo HC3), versión del 26/10/2011.

La segunda parte de la sesión se inició con la participación de Ginger A. Baker (Chief of US Business Development de BITAC en los EEUU), que realizó una intervención sobre LOINC en el entorno del Meaningful Use. En este sentido se explicó que el coste de la sanidad en los EEUU ha aumentado mucho, debido en parte a la falta de información, que implica duplicidad de pruebas, actuaciones innecesarias o inadecuadas, prácticas obsoletas, etc. Para resolver esta situación se han emprendido varias acciones legislativas, entre ellas las relativas a la interoperabilidad semánticas i al uso de la información de manera que sea verdaderamente útil y esté disponible en tiempo real. Esta visión es la que se conoce como Meaningful Use, en la cual los proveedores de salud que reciben pagos del gobierno tienen que cumplir una serie de requisitos. En el ámbito del laboratorio, la terminología de referencia a utilizar es LOINC. A pesar de que hace varios años que se inició el proceso de transformación descrito, aún queda mucho trabajo por hacer. Es necesario seguir trabajando para hacer entender la importancia de la interoperabilidad semántica en general, y el papel que juegan estándares como SNOMED CT o LOINC. Otro reto que se destacó es conseguir la implicación de los profesionales asistenciales y hacerles ver el valor añadido de la integración de los sistemas y la interoperabilidad de la información, tanto en la atención a los pacientes como en la gestión de los servicios.

La jornada finalizó con el bloque de experiencias, formado por las intervenciones de Toni Mas (CEO de BITAC) y Gloria Soria (Adjunta a gerència del Laboratori de Referència de Catalunya, LRC):
Para presentar en más detalle la terminología LOINC se explicaron los seis ejes que la componen y que, combinados, describen cada prueba de laboratorio: componente, propiedad, tiempo, sistema, escala y método. También se destacó que LOINC tiene varias jerarquías (o clases), perfiles y que de los más de 71.000 elementos que lo componen y que están identificados de manera única, unos 47.000 son de laboratorio, el resto corresponden a otros ámbitos complementarios. La presentación de BITAC finalizó con algunas recomendaciones a la hora de hacer el mapeo entre catálogos locales y LOINC, servicio que la empresa ofrece:

  • El mapeo por proximidad es un error, si un elemento no existe en LOINC se puede solicitar su inclusión pero no se aconseja mapearlo al que parezca más similar.
  • Es imprescindible contar con la participación de expertos en el dominio para realizar el mapeo, ya que hay elementos que se parecen mucho pero son distintos.
  • Los mapeos de tienen que hacer siempre al último nivel de granularidad. Es posible escalar de más nivel de detalle a menos, pero no al revés.
  • Frecuentemente se utiliza SNOMED CT para complementar LOINC (p.ej. prueba de laboratorio con LOINC y diagnóstico asociado en SNOMED CT).
  • Cuando se hace el mapeo del catálogo local a LOINC se suelen descubrir pruebas duplicadas, incongruentes, obsoletas, etc. de manera que es una buena oportunidad para mejorar el catálogo.

El bloque acabó con la experiencia de implantación de LOINC en el LRC, desde el cual, con la participación de BITAC, se mapeó el catálogo local a LOINC y se implantó en su sistema de información. En esta experiencia se reafirmaron las recomendaciones previamente vistas y se destacó el uso de SNOMED CT en combinación con LOINC. El mantenimiento del mapeo se lleva a cabo des del LRC y actualmente pueden representar la mayor parte de las pruebas que realizan.

La clausura de la jornada se realizó por parte de Maria Rovira (Oficina d’Estàndards i Interoperabilitat de la Fundación TicSalut, iSalut).

En el siguiente enlace se puede consultar la agenda de la sesión: programa.

This post is only available in Catalan and Spanish:
Llegir en català (Read it in Catalan)
Leer en castellano (Read it in Spanish)

Nova edició del taller d’Introducció a SNOMED CT i Vocabularis Clínics Controlats

Leer en castellano

Els passats dies 30 i 31 de maig es va dur a terme el taller presencial d’introducció a SNOMED CT i Vocabularis Clínics Controlats, organitzat des del CCI, HL7 Spain i TicSalut. El curs de 10 hores es va fer a Barcelona i va comptar amb la participació de 9 alumnes de diferents regions d’Espanya.

Al taller es va realitzar una introducció a la terminologia biomèdica i a l’estàndard semàntic SNOMED CT. Es van descriure els components bàsics (conceptes, descripcions, relacions i historial) i avançats (mapejos, subconjunts i extensions) de SNOMED CT i es va explicar com crear Clinical Statements amb expressions post-coordinades. L’edició d’enguany també va incloure una presentació sobre serveis de terminologia i l’estàndard d’HL7 CTS2 (Common Terminology Services Release 2). El taller va finalitzar amb un repàs pels estàndards d’HL7, detallant com utilitzar CDA en combinació amb SNOMED CT per representar documents clínics i el significat del seu contingut, d’una manera inequívoca.

Els coneixements teòrics es van complementar amb exercicis pràctics i un cas d’ús de SNOMED CT pel domini d’al·lèrgies basat en l’experiència real del Sistema Sanitari Català. Els alumnes van instal·lar i utilitzar el navegador de SNOMED CT ClíniClue Xplore i el servidor de Terminologia ITS (Integrated Terminology System) d’Indizen per dur a terme les parts pràctiques.

Al següent enllaç es pot consultar el tríptic del taller: Taller presencial introducció a SNOMED CT i Vocabularis Clínics Controlats, edició Barcelona.

Llegir en català

Los pasados días 30 y 31 de mayo se realizó el taller presencial de introducción a SNOMED CT y Vocabularios Clínicos Controlados, organizado des del CCI, HL7 Spain y TicSalut. El curso de 10 horas tuvo lugar en Barcelona y contó con la participación de 9 alumnos de diferentes regiones de España.

En el taller se hizo una introducción a la terminología biomédica i al estándar semántico SNOMED CT. Se describieron los componentes básicos (conceptos, descripciones, relaciones e historial) y avanzados (subconjuntos, mapeos y extensiones) de SNOMED CT y se explicó cómo crear Clinical Statements con expresiones post-coordinadas. La edición de este año también incluyó una presentación sobre servicios de terminología y el estándar de HL7 CTS2 (Common Terminology Services Release 2). El taller finalizó con un repaso por los estándares de HL7, detallando como utilizar CDA en combinación con SNOMED CT para representar documentos clínicos y el significado de su contenido, de una manera inequívoca.

Los conocimientos teóricos se complementaron con ejercicios prácticos y un caso de uso de SNOMED CT para el dominio de alergias basado en la experiencia real del Sistema Sanitario Catalán. Los alumnos instalaron y utilizaron el navegador de SNOMED CT ClíniClue Xplore y el servidor de Terminología ITS (Integrated Terminology System) de Indizen para realizar las partes prácticas.

En el siguiente enlace se puede consultar el tríptico del taller: Taller presencial de introducción a SNOMED CT y Vocabularios Clínicos Controlados, edición Barcelona.

Interoperabilidad, la base para una atención integrada del paciente crónico

Leer en castellano

El CCI va participar els passats dies 19 i 20 de març a la Jornada tècnica d’interoperabilitat organitzada pel Servei Andalús de Salut, IHE Espanya i HL7 Spain que tenia per títol “Interoperabilidad, la base para una atención integrada del paciente crónico”.
Al primer dia de la jornada es van realitzar les tres sessions següents:

  • Reunió del comitè tècnic d’HL7 Spain, en la qual es van repassar les principals novetats i avenços més rellevants des de l’última reunió. Destacar que s’ha començat a treballar en les derivacions de proves diagnòstiques, tant des del punt de vista funcional com de missatgeria i informes associats.
  • Presentació “Últimos avances en los estándares de documentación clínica”, orientada a acostar els estàndards al perfil documentalista.
  • Sessió IHE centrada en la implantació de XDS a Espanya.

Al segon dia es van realitzar diferents intervencions sobre la interoperabilitat entre sistemes i la integració de dispositius, presentant estàndards i sistemes que permeten garantir la continuïtat assistencial a diferents nivells. Es van destacar els nous reptes que tenen els CIOs en quant a la interoperabilitat i a l’atenció dels pacients crònics, així com a la importància de la capacitació del ciutadà de manera que formi part activa de la seva salut. Aquestes ponències es van complementar explicant el paper dels perfils IHE, de la norma CONTSYS (ISO/DIS 13940) i dels estàndards d’HL7, incloent els d’àmbit semàntic com CTS2 (Common Terminology Services Release 2). L’esdeveniment va finalitzar amb la compartició d’experiències i la presentació de diferents eines. Des del CCI-OFSTI es va realitzar una ponència sobre serveis terminològics avançats:

A la presentació es va explicar la necessitat d’aquesta mena de serveis, així com les funcionalitats que poden cobrir les eines que els ofereixen. També es va presentar l’estàndard CTS2, que defineix, a nivell funcional, una interfície estàndard per l’ús i la gestió de terminologies. Per acabar la intervenció, es va resumir la participació del CCI al grup de serveis semàntics del projecte europeu epSOS, en el qual es treballa amb l’estàndard CTS2.

Llegir en català

El CCI participó los pasados 19 y 20 de marzo en la Jornada técnica organizada por el Servicio Andaluz de Salud, IHE España y HL7 Spain que tenía por título “Interoperabilidad, la base para una atención integrada del paciente crónico”.
En el primer día de la jornada se realizaron las tres sesiones siguientes:

  • Reunión del comité técnico de HL7 Spain, en la cual se repasaron las principales novedades y avances des de la última reunión. Destacar que se ha empezado a trabajar en las derivaciones de pruebas diagnósticas, tanto a nivel funcional como de mensajería y informes asociados.
  • Presentación “Últimos avances en los estándares de documentación clínica”, orientada a acercar los estándares al perfil documentalista.
  • Sesión IHE centrada en la implantación de XDS en España.

En el segundo día se realizaron distintas intervenciones sobre la interoperabilidad entre sistemas y la integración de dispositivos, presentando diferentes estándares y sistemas que permiten garantizar la continuidad asistencial a distintos niveles. Se destacaron los nuevos retos que tienen los CIOs en cuanto a la interoperabilidad y a la atención de los pacientes crónicos, así como la importancia de la capacitación del ciudadano de manera que forme parte activa de su salud. Estas ponencias se complementaron explicando el papel de los perfiles IHE, de la norma CONTSYS (ISO/DIS 13940) y de los estándares de HL7, incluyendo los de ámbito semántico como CTS2 (Common Terminology Services Release 2). El evento finalizó con la compartición de experiencias y la presentación de distintas herramientas. Des de CCI-OFSTI se realizó una ponencia sobre servicios terminológicos avanzados:

En la presentación se explicó la necesidad de este tipo de servicios, así como las funcionalidades que pueden cubrir las herramientas que los ofrecen. También se presentó el estándar CTS2 que define, a nivel funcional, una interface estándar para el uso y la gestión de terminologías. Para acabar la intervención se resumió la participación del CCI-OFSTI en el grupo de servicios semánticos del proyecto europeo epSOS, en el cual se trabaja con el estándar CTS2.

CCI participa en la impartició del taller d’introducció a SNOMED CT i vocabularis clínics controlats

Leer en castellano

El Centre de Competències d’Integració va participar en la impartició del taller d’introducció a SNOMED CT i vocabularis clínics controlats, organitzat per HL7 Spain. La sessió es va realitzar a Barcelona, els passats dies 15 i 16 de novembre, i també va comptar amb una ponència de l’Oficina d’Estàndards i Interoperabilitat.

El taller va començar amb una presentació de tots els assistents i un repàs als estàndards d’HL7. Es va realitzar una introducció a la terminologia biomèdica i es van explicar els components bàsics i avançats de SNOMED CT. També es va presentar una guia de la gramàtica de l’estàndard, per construir expressions clíniques a través de la post-coordinació. Aquests coneixements es van compaginar amb exercicis pràctics i un cas d’ús basat en l’experiència real del Sistema Sanitari Català. Per acabar, es va introduir l’estàndard CDA R2 i es van presentar les estratègies i eines necessàries per desplegar SNOMED CT a una xarxa assistencial.

L’assistència al taller va ser de 9 alumnes, 4 d’ells de Navarra:

Es pot consultar més informació sobre la formació que el CCI ofereix a través del web: Formació i jornades.

Llegir en català

El Centre de Competències d’Integració participó en la impartición del taller de introducción a SNOMED CT y vocabularios clínicos controlados, organizado por HL7 Spain. La sesión se realizó en Barcelona, los días 15 y 16 de Noviembre y también contó con una ponencia de la Oficina d’Estàndards i Interoperabilitat.

El taller empezó con una presentación de todos los asistentes y un repaso a los estándares de HL7. Se realizó una introducción a la terminología biomédica y se explicaron los componentes básicos y avanzados de SNOMED CT. También se presentó una guía de la gramática del estándar, para construir expresiones clínicas a través de la post-coordinación. Estos conocimientos se compaginaron con ejercicios prácticos y un caso de uso basado en la experiencia real del Sistema Sanitario Catalán. Para acabar, se introdujo el estándar CDA R2 y se presentaron las estrategias y herramientas necesarias para desplegar SNOMED CT en una red asistencial.

La asistencia al taller fue de 9 alumnos, 4 de ellos de Navarra:

Se puede consultar más información sobre la formación que ofrece CCI a través de la web: Formación y jornadas.

Formació SNOMED CT

Leer en castellano

El CCI-TCM (Centre de Competències d’Integració de la fundació Tecnocampus Mataró-Maresme) ofereix serveis de formació en l’àmbit dels Entorns d’Interoperabilitat i el de la Terminologia. Aquesta entrada té per objectiu presentar i explicar en detall les diferents modalitats i tipologies de formació relacionada amb SNOMED CT:

Tallers d’interoperabilitat semàntica al TCM
Aquesta mena de tallers s’organitzen des del CCI-TCM i es realitzen al Tecnocampus Mataró-Maresme, amb la col·laboració de la fundació TicSalut. S’han realitzat dues edicions i la tercera, la inscripció de la qual ja està oberta, està programada pels dies 3 i 4 d’octubre del 2012. La informació sobre aquesta 3a edició es pot consultar a l’enllaç següent: tríptic. A aquesta mena de formació s’expliquen els diferents tipus de llenguatges i vocabularis controlats, es fa una introducció a SNOMED CT i s’aprofundeix en els mecanismes de conjunts de referències creuades (mapejos), subconjunts i extensions. També s’ofereix una visió general del procés de gestió de SNOMED CT a Catalunya i en línia amb el MSSSI (Ministerio de Sanidad, Servicios Sociales e Igualdad) i epSOS (projecte europeu de compartició d’informació clínica), i es fa un repàs a les eines existents que permeten treballar amb la terminologia. Les explicacions teòriques d’aquests conceptes es combinen amb exercicis pràctics de navegació i codificació amb SNOMED CT i de creació de components. El taller d’enguany compta amb varies novetats:

  • Presentació dels subconjunts de SNOMED CT creats per l’HC3 i pautes d’implantació i ús.
  • Cas pràctic de creació de components basat en l’experiència real del Sistema Sanitari Català.
  • Presentació i pràctica del navegador SNOB a més a més de CliniClue Xplore.
  • Cas real de navegació i codificació a partir de l’experiència real de l’Hospital Clínic de Barcelona.

Tallers de SNOMED CT amb HL7
El CCI-TCM ha col·laborat amb HL7 en la impartició de varis tallers sobre SNOMED CT i vocabularis clínics controlats, a diferents Comunitats Autònomes. Aquestes modalitats solen ser més concentrades que els tallers d’interoperabilitat semàntica i inclouen una part d’HL7 i CDA que permet obtenir una visió general de com transmetre i compartir la informació codificada en SNOMED CT.
El dia 18 de juny va començar la primera edició online d’aquesta mena de cursos amb el taller virtual d’introducció a SNOMED CT. L’edició e-learning, programada en 5 setmanes, ha permès augmentar el nivell de detall amb el qual es tracta cada part de SNOMED CT i maximitzar la part pràctica dels tallers. Cada setmana es lliura una unitat teòrica als alumnes, sobre la qual han de realitzar un qüestionari i una pràctica. La informació sobre aquesta primera edició online es pot consultar al següent enllaç: tríptic.

Jornades tècniques i altres accions de difusió
El CCI-TCM també ha participat en les dues edicions de la jornada tècnica de SNOMED CT que s’ha organitzat des de la fundació Doctor Robert, UAB. L’esdeveniment d’enguany va tenir molt d’èxit i va oferir una visió general de l’evolució de SNOMED CT al Sistema Sanitari Català orientada a experts en documentació clínica. El grup també ha participat en altres congressos i jornades que tenen per objectiu potenciar l’ús de les TIC al sector salut, com InforSalut, InforMed, FòrumCis, la segona reunió del foro de Interoperabilidad, etc. amb ponències sobre SNOMED CT.

La informació sobre els cursos, tallers, congressos, etc. en els quals està involucrat el CCI-TCM es pot trobar al web del grup:

La propera entrada tractarà sobre la formació que ofereix el CCI-TCM en l’àmbit dels EI (Entorns d’Interoperabilitat). Avançar que ja està oberta la inscripció per la segona edició del taller d’integració de dispositius mèdics amb Mirth Connect, els dies 26 i 27 de setembre del 2012. La informació relacionada i el formulari d’inscripció es poden consultar a l’enllaç que es presenta a continuació: tríptic.

Llegir en català

CCI-TCM (Centre de Competències d’Integració de la fundación Tecnocampus Mataró-Maresme) ofrece servicios de formación en el ámbito de los Entornos de Interoperabilidad y el de la Terminología. Esta entrada tiene por objetivo presentar y explicar en detalle las diferentes modalidades y tipologías de formación relacionada con SNOMED CT:

Talleres de interoperabilidad semántica en TCM
Este tipo de talleres se organizan des del CCI-TCM y se llevan a cabo en el Tecnocampus Mataró-Maresme, con la colaboración de la fundación TicSalut. Se han realizado dos ediciones y la tercera, cuya inscripción ya está abierta, está programada para los días 3 y 4 de Octubre del 2012. La información sobre esta 3a edición se puede consultar en el enlace siguiente: tríptico. En este tipo de formación se explican los diferentes tipos de lenguajes y de vocabularios controlados, se hace una introducción a SNOMED CT y se profundiza en los mecanismos de conjuntos de referencias cruzadas (mapeos), subconjuntos y extensiones. También se ofrece una visión general del proceso de gestión de SNOMED CT en Catalunya y en línea con el MSSSI (Ministerio de Sanidad, Servicios Sociales e Igualdad) y epSOS (proyecto europeo de compartición de información clínica), y se hace un repaso de las herramientas existentes que permiten trabajar con la terminología. Las explicaciones teóricas de estos conceptos se combinan con ejercicios prácticos de navegación y codificación con SNOMED CT, y de creación de componentes. El taller de este año cuenta con diversas novedades:

  • Presentación de los subconjuntos de SNOMED CT creados para HC3 y pautas de implantación y uso.
  • Caso práctico de creación de componentes basado en la experiencia real del  Sistema Sanitario Catalán.
  • Presentación y práctica del navegador SNOB, a demás de CliniClue Xplore.
  • Caso real de navegación y codificación a partir de la experiencia real del Hospital Clínic de Barcelona.

Talleres de SNOMED CT con HL7
CCI-TCM ha colaborado con HL7 en la impartición de varios talleres sobre SNOMED CT y vocabularios clínicos controlados, en diferentes Comunidades Autónomas. Estas modalidades suelen ser más concentradas que los talleres de interoperabilidad semántica y incluyen una parte de HL7 y CDA, que permite obtener una visión general sobre cómo transmitir y compartir la información codificada con SNOMED CT.
El día 18 de Junio empezó la primera edición online de este tipo de cursos, con el taller virtual de introducción a SNOMED CT. La edición e-learning, programada en 5 semanas, ha permitido aumentar el nivel de detalle con el que se trata cada parte de SNOMED CT y maximizar la parte práctica. Cada semana se entrega a los alumnos una unidad teórica, sobre la cual tienen que realizar un cuestionario y una práctica. La información sobre esta primera edición online se puede consultar en el siguiente enlace: tríptico.

Jornadas técnicas y otras acciones de difusión
CCI-TCM también ha participado en las dos ediciones de la jornada técnica de SNOMED CT, organizada des de la fundación Doctor Robert, UAB. El evento de este año ha tenido un gran éxito y ofreció una visión general de la evolución de SNOMED CT en el Sistema Sanitario Catalán orientada a expertos en documentación clínica. El grupo también ha participado en otros congresos y jornadas que tienen por objetivo potenciar el uso de la TIC en el sector salid, como InforSalut, InforMed, FòrumCis, la segunda reunión del foro de Interoperabilidad, etc. con ponencias sobre SNOMED CT.

La información sobre los cursos, talleres, congresos, etc. en los que está involucrado el CCI-TCM se pueden encontrar en la web del grupo:

La siguiente entrada tratará sobre la formación que ofrece CCI-TCM en el ámbito de los EI (Entornos de Interoperabilidad). Adelantar que ya está abierta la inscripción para la segunda edición del taller de integración de dispositivos médicos con Mirth Connect, los días 26 y 27 de Setiembre del 2012. La información relacionada y el formulario de inscripción se pueden consultar en el enlace que se presenta a continuación: tríptico.

Efficient XML Interchange

Leer en castellano

En aquest post mostrarem una tecnologia per transmetre els fitxers XML d’una manera més ràpida, especialment dissenyat per les tecnologies d’avui en dia, com poden ser els smartphones. Un cop introduida, farem una prova treballant en el camp dels estàndards (concretament amb l’estàndard CDA R2) i veurem l’impacte que crea aquesta tecnologia sobre fitxers CDA XML.

EXI (Efficient XML Interchange) és un format de dades proposat per el Efficient XML Interchange Working Group, i ja es considera estandard W3C. L’objectiu d’aquest format és codificar documents XML en un format binari, per reduir l’espai dels missatges, i permetre una transmissió entre dispositius molt més àgil.

Format

Un document EXI està format per un EXI Header i un EXI Body.

EXI Header

Conté les propietats de codificació necessàries per poder codificar i descodificar l’EXI-stream. La mida mínima de capçalera és de 1 byte, per tant podem considerar que té un overhead molt baix.

EXI Body

El cos d’un document EXI esta composat per events EXI. Els ítems XML es codifiquen en un o més EXI events. Els events s’agrupen seguint una definició de gramàtica, per veure els elements que es repeteixen més o menys, per codificar la informació en funció d’això, i pode r comprimir molt més la cadena, semblant al mètode de compressió dels codis Huffman. La idea és comprimir al màxim l’espai que ocupen els “tags” de l’XML, que solen repetir-se molt.

Primer mostrem un exemple d’XML qualsevol:

<?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?>
<notebook date="2007-09-12">
<note category="EXI" date="2007-07-23">
<subject>EXI</subject>
<body>Do not forget it!</body>
</note>
<note date="2007-09-12">
<subject>Shopping List</subject>
<body>milk, honey</body>
</note>
</notebook>

Aquest XML es representa en EXI events de la següent forma:

Un cop tenim els EXI events, s’ordenen per poder fer la compressió dels tags:


Rendiment

Per veure una prova del rendiment d’aquest mètode, farem un parell de proves amb fitxers XML, amb propietats diferents.

Compressió de fitxer d’espirometria propietari

Baix rendiment degut a les poques repeticions de tags, ja que cada tag és diferent, per transmetre cada dada que és única de l’espiròmetre.

Original:               27 KB

EXI:                        8 KB

Ratio:                    1/3

Compressió del document CDA d’espirometria

Alt rendiment degut a la gran quantitat de tags a repetir tant d’estructura de CDA (entries, components, code…) com d’estructura del text html per mostrar l’informe (td, tr, table…).

Original:               680 KB

EXI:                        35 KB

Ratio:                    1/20

Conclusió

Aquest nou mètode és molt important, primer de tot perquè ha sigut aprovat com un estàndard per la W3C, i per tant no és cap format propietari.

El punt fort del mètode és que està concretament orientat a codificar XML, res més, a diferència d’altres sistemes de compressió genèrics.

La compressió es pot veure aplicada en documents CDA i això pot ser molt interessant per integrar documents en format EXI, per ocupar menys espai, i per transmetre en un temps més ràpid.

A més cal dir que aquest estàndard s’ha desenvolupat pensant en dispositius mòbils, per facilitar una transmissió més ràpida i amb menys pes, per tant tenir aquest format crearia un impacte important en aquests dispositius, i en el desenvolupament de noves aplicacions per aquests.

Fragment extret del document “EXI (Efficient XML Interchange) – M. Lizana”

Llegir en català

En esta entrada mostraremos una tecnología para transmitir los ficheros XML de una manera más rápida, especialmente diseñada para las tecnologías de hoy en día, como los smartphones. Una vez introducida, haremos una prueba trabajando en estándares (en concreto con el estándar CDA R2) i veremos el impacto que crea esta tecnología sobre ficheros CDA XML.

EXI (Efficient XML Interchange) es un formato de datos propuesto por el Efficient XML Interchange Working Group, y se considera estándar W3C. El objetivo de éste formato es codificar documentos XML en un formato binario, para reducir el espacio de los mensajes y permitir una transmisión entre dispositivos mucho más ágil.

Formato

Un documento EXI está formado por un EXI Header y un EXI Body.

EXI Header

Contiene las propiedades de codificación necesarias para poder codificar y descodificar el EXI-stream. El tamaño mínimo de cabecera es de 1 byte, por tanto podemos considerar que tiene un overhead muy bajo.

EXI Body

El cuerpo de un documento EXI esta compuesto por eventos EXI. Los ítems XML se codifican en uno o más EXI events. Los eventos se agrupan siguiendo una definición de gramática, para ver los elementos que se repiten más o menos, para codificar la información en función de estos elementos, y poder comprimir mucho más la cadena, parecido al método de compresión de los códigos Huffman. La idea es comprimir al máximo el espacio que ocupan los “tags” del XML, que suelen repetirse mucho.

Primero mostramos un ejemplo de XML cualquiera:

<?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?>
<notebook date="2007-09-12">
<note category="EXI" date="2007-07-23">
<subject>EXI</subject>
<body>Do not forget it!</body>
</note>
<note date="2007-09-12">
<subject>Shopping List</subject>
<body>milk, honey</body>
</note>
</notebook>

Éste XML se representa en EXI events de la siguiente forma:

Una vez tenemos los EXI events, se ordenan para poder hacer la compresión de los tags:

Rendimiento

Para ver una prueba del rendimiento de éste método, haremos un par de pruebas con ficheros XML, con propiedades diferentes.

Compresión del fichero de espirometría propietario

Bajo rendimiento debido a las pocas repeticiones de los tags, ya que cada tag es diferente, para transmitir cada dato que es único del espirómetro.

Original:               27 KB

EXI:                        8 KB

Ratio:                    1/3

Compressión del documento CDA de espirometría

Alto rendimento debido a la gran cantidad de tags a repetir tanto de estructura de CDA (entries, components, code…) como de estructura del texto html para mostrar el informe (td, tr, table…).

Original:               680 KB

EXI:                        35 KB

Ratio:                    1/20

Conclusión

Éste nuevo método es muy importante, primero de todo porque ha sido aprobado como un estándar por la W3C, y por lo tanto no es formato propietario.

El punto fuerte del método es que esta concretamente orientado a codificar XML, nada más, a diferencia de otros sistemas de compresión genéricos.

La compresión se puede ver aplicada en documentos CDA i esto puede ser muy interesante para integrar documentos en formato EXI, ocupando menos espacio y transmitiendo en un tiempo más rápido.

Además éste estándar se ha desarrollado pensando en dispositivos móviles, para facilitar la transmisión más rápida y con menos peso. Con éste formato se crearía un impacto importante en estos dispositivos, y en el desarrollo de nuevas aplicaciones para estos.

Fragmento extraído del documento “EXI (Efficient XML Interchange) – M. Lizana”

Interoperabilitat de la prova d’espirometria forçada

En aquesta entrada explicarem un dels treballs que hem realitzat al CCI en quan a l’àmbit d’integració i interoperabilitat amb estàndards, la integració de la prova d’espirometria forçada.

Per tal d’implantar l’estàndard CDA R2 homologat per la Oficina d’Estàndards i Interoperabilitat de la Fundació TicSalut del Departament de Salut de la Generalitat de Catalunya, des del Pla Director de Malalties de l’Aparell Respiratori (PDMAR) encapçalat pel Dr. Joan Escarrabill, s’ha decidit realitzar projectes pilot per a donar una empenta a la integració i interoperabilitat de la prova d’espirometria forçada, tot utilitzant l’estàndard HL7-CDA R2.

A través de la nostra expertesa en estàndards i en integració de sistemes i dispositius mèdics, hem proporcionat suport tècnic a nivell de consultoria al Institut Català de la Salut, per facilitar la implantació de l’estàndard en aquells centres participants en els projectes pilot.

Des del CCI (a traves del treball realitzat), s’han gestionat i normalitzat els resultats d’una prova d’espirometria forçada, i s’ha desenvolupat una integració d’aquesta prova, creant una producció sota la plataforma d’integració, Ensemble d’Intersystems.La producció reuneix tots els fluxos necessaris per poder dur a terme l’integració de la prova, des de la gestió de la demanda (enviada pel centre peticionari), la gestió dels resultats de l’espiròmetre, i la generació final d’un informe detallat amb: l’informació personal del pacient, els resultats clínics de la prova i una interpretació gràfica dels mateixos.

El procés intern que es duu a terme en la producció desenvolupada es divideix en les següents etapes:

Etapa 1 – Gestió demanda:

La demanda d’espirometria, es duu a terme ha partir d’una petició d’un metge desde el servei de pneumologia d’un centre hospitalari, cap a la llista de treball (cua de pacients que s’han de dur a terme proves clíniques en el centre), del sistema d’informació centralitzat del centre. Rebuda la demanda d’espirometria en la llista de treball, és processada pel sistema d’informació centralitzat del centre i emmagatzemada en una base de dades, a l’espera dels resultats de la prova d’aquest pacient.

La producció desenvolupada és adaptable, a rebre la missatgeria de la demanda(prominent del sistema d’Informació centralitzat del centre), en format “propietari” però es aconsellable per manegar aquesta informació utilitzar l’estàndard de missatgeria medica HL7.

Etapa 2 – Gestió prova:

Un cop emmagatzemada la demanda a la base de dades de la producció, el pacient arriba al centre transcorregut un cert temps i es realitza la prova. El dispositiu mèdic en qüestió (espiròmetre), genera una sèrie de dades clíniques relacionades amb la respiració del pacient (FVC, FEF, etc. ), aquestes dades quedaran emmagatzemades físicament en un fitxer.

Aquest fitxer com el missatge de demanda, sol ser format propietari, tot i que desde diferents organismes i proveïdors de dispositius mèdics, s’està treballant per aconseguir que aquestes ambos informacions es rebin i es generin al dispositiu mèdic en format estàndard HL7.

El següent pas d’aquesta etapa del procés, es llegir els resultats clínics generats durant la prova d’espirometria i intentar lligar la mateixa amb la demanda corresponent. El procés de “lligar” es fa a través del codi identificador de la prova, així com el nom i l’edat del pacient (com a dades addicionals per reafirmar aquest identificador). Si es troba una demanda relacionada amb la prova, la producció generarà l’informe corresponent a la prova realitzada, incloent un documento clínic CDA R2 (representant l’informe d’espirometria com a estàndard de text amb entrades codificades), un XSL (per poder visualitzar el CDA R2 en un navegador) i les gràfiques corresponents a les dades clíniques de la prova, com a informació de suport per el metge.

En cas contrari el sistema emmagatzemarà la prova d’espirometria. Aquests resultats quedaran emmagatzemats sense processar, degut a que l’etapa de lligar la demanda no ha finalitzat amb èxit. Les proves no “lligades”, són comprovades cada un determinat període de temps en el cas de que la demanda no hagués arribat correctament.Si en una comprovació s’aconsegueix lligar la prova, es processa normalment seguint el procés anteriorment explicat.

Per evitar que una prova quedi en el sistema de manera permanent, quan ja s’han dut a terme diversos intents, i no s’ha aconseguit lligar amb la demanda, aquest fitxer és emmagatzemat de forma separada dels altres, per a que sigui comprovat manualment per la persona responsable que a realitzat la prova al pacient.

Quan el procés finalitza satisfactòriament es generarà, com ja s’ha esmentat anteriorment,tres fitxers:

CDA R2: Arquitectura estàndard per a documents clínics basada en el model UML R-MIM. Aquest document contindrà la informació del pacient i les dades clíniques de la prova d’espirometria, de manera estructurada (XML) i codificada a traves de la terminologia clínica SNOMED-CT.

XSL: Permet visualitzar el CDA R2 en un navegador com si es tractés d’una plana web qualsevol.

Gràfics: Conjunt de dos gràfics (Flux-Volum i Volum-Temps), que representen els resultats clínics de la prova. Aquests gràfics apareixen incrustats al final del CDA R2.

A continuació podreu visualitzar la producció d’espirometria que hem desenvolupat, sota l’entorn d’integració Ensemble d’Intersystems.

YouTube Preview Image