Entrades classificades amb: Navegador

SNOMED CT (IV)

Leer en castellano

La semàntica a salut (VI)

A SNOMED CT els conceptes o les descripcions que s’han de deixar d’utilitzar no s’eliminen, es desactiven per un motiu determinat (per exemple perquè estaven duplicats, són ambigus, limitats o, directament, erronis). L’estructura de SNOMED CT preveu un camp a la taula de conceptes i un a la de descripcions que indiquen l’estat d’aquell component i, en cas d’estar inactius, la raó de la seva desactivació. L’estàndard també preveu modificacions menors en les descripcions dels conceptes, així com l’addició de nous components.
Per enregistrar els canvis que es produeixen entre les versions de SNOMED CT, la terminologia inclou el mecanisme d’historial. En aquestes taules es poden trobar totes les creacions, desactivacions i modificacions menors dels conceptes i de les descripcions de SNOMED CT i, opcionalment, també de les relacions. A la guia oficial d’implementació de SNOMED CT es poden trobar les modificacions que es consideren menors i que estan permeses (per a la resta cal desactivar i crear un nou component).

El mecanisme d’historial de la versió internacional INT de SNOMED CT és també l’aplicable per a la versió ES-ARG, ja que aquesta és una traducció de la primera. L’extensió catalana de SNOMED CT té historial propi i s’hi enregistren les addicions i modificacions de tots els conceptes i descripcions, així com les addicions de relacions.

L’historial es complementa amb la taula de relacions, en la qual es poden trobar les relacions entre els conceptes desactivats i els conceptes actius que els substitueixen. Per exemple, el concepte inactiu 112289006 Salmonella II, 4,12:g,m,t:z39 (organismo) es va desactivar per estar duplicat. Si es consulta la taula d’historial es podran trobar tres registres corresponents a aquest conceptId:

  • El primer indica la creació del concepte a la versió de SNOMED CT amb data 01-01-1994.
  • El segon es correspon amb un canvi menor que es va realitzar a la descripció FSN del concepte, a la versió de SNOMED CT amb data 31-01-2002.
  • El tercer registra el canvi d’estat, inactivant el concepte per estar duplicat a la versió de SNOMED CT del 31-07-2003.

I si es busca a la taula de relacions es trobarà una relació del concepte inactiu al seu substitut:

  • El concepte amb conceptId 112289006 és igual al concepte 114475003 Salmonella II 4,12:g,m,t:z39 (organismo).

 

No tots els conceptes inactius tenen els seus substituts actius i n’hi ha que en tenen més d’un (per exemple els ambigus que estan associats normalment a dos conceptes actius més concrets).

Quan un concepte es desactiva també es mou dins de la jerarquia de SNOMED CT, passant-lo de la posició on era, al fill corresponent de 362955004 concepto inactivo (concepto inactivo), a l’eix d’alt nivell “concepto especial”. Seguint amb l’exemple, el concepte inactiu 112289006 Salmonella II, 4,12:g,m,t:z39 (organismo) té una relació de jerarquia amb el (és fill del) concepte 363662004 concepto duplicado (concepto inactivo).

A la propera entrada terminològica presentarem les extensions de SNOMED CT, mecanismes que permeten cobrir necessitats locals respectant l’estàndard.

Entrades relacionades:

Llegir en català

La semántica en salud (VI)

En SNOMED CT los conceptos o las descripciones que se tienen que dejar de utilizar no se eliminan, se desactivan por un motivo determinado (por ejemplo porqué estaban duplicados, son ambiguos, limitados o, directamente, erróneos). La estructura de SNOMED CT prevé un campo en la tabla de conceptos y uno en la de descripciones que indican el estado de ese componente y, en caso de estar inactivos, la razón de su desactivación. El estándar también prevé modificaciones menores en las descripciones de los conceptos, así como adiciones de nuevos componentes.
Para registrar los cambios que se producen entre las versiones de SNOMED CT, la terminología incluye el mecanismo de historial. En estas tablas se pueden encontrar todas las creaciones, desactivaciones y modificaciones menores de los conceptos y de las descripciones de SNOMED CT, y opcionalmente, también de las relaciones. En la guía oficial de implementación de SNOMED CT se pueden encontrar las modificaciones que se consideran menores y que están permitidas (para el resto será necesario desactivar y crear un nuevo componente).

El mecanismo de historial de la versión internacional INT de SNOMED CT es también el aplicable a la versión ES-ARG, ya que ésta es una traducción de la primera. La extensión catalana de SNOMED CT tiene historial propio y contiene las adiciones y modificaciones de todos los conceptos y descripciones, así como las adiciones de relaciones.

El historial se complementa con la tabla de relaciones, en la cual se pueden encontrar las relaciones entre los conceptos desactivados y los conceptos activos que los sustituyen. Por ejemplo, el concepto inactivo 112289006 Salmonella II, 4,12:g,m,t:z39 (organismo) se desactivó por estar duplicado. Si se consulta la tabla de historial se pueden contar tres registros correspondientes a este conceptId:

  • El primero indica la creación del concepto en la versión de SNOMED CT de 01-01-1994.
  • El segundo se corresponde con un cambio menor que se realizó en la descripción FSN del concepto, a la versión de SNOMED CT con fecha 31-01-2001.
  • El tercero registra el cambio de estado, inactivando el concepto por estar duplicado en la versión de SNOMED CT del 31-07-2003.

Y si se busca en la tabla de relaciones se encontrará una relación del concepto inactivo a su sustituto:

  • El concepto con conceptId 112289006 es igual al concepto 114475003 Salmonella II 4,12:g,m,t:z39 (organismo).

 

No todos los conceptos inactivos tienen su sustituto activo i hay que tienen más de uno (por ejemplo los ambiguos que están asociados a dos conceptos activos más concretos).

Cuando un concepto se desactiva también se mueve dentro de la jerarquía de SNOMED CT, pasándolo de la posición en la que estaba al hijo correspondiente de 362955004 concepto inactivo (concepto inactivo), en el eje de alto nivel “concepto especial”. Siguiendo con el ejemplo, el concepto inactivo 112289006 Salmonella II, 4,12:g,m,t:z39 (organismo) tiene una relación de jerarquía con el (es el hijo del) concepto 363662004 concepto duplicado (concepto inactivo).


En la siguiente entrada terminológica presentaremos las extensiones de SNOMED CT, mecanismos que permiten cubrir las necesidades locales espetando el estándar.

Entradas relacionadas:

This post is only available in Catalan and Spanish:
Llegir en català (Read it in Catalan)
Leer en castellano (Read it in Spanish)

Nova edició del taller d’Introducció a SNOMED CT i Vocabularis Clínics Controlats

Leer en castellano

Els passats dies 30 i 31 de maig es va dur a terme el taller presencial d’introducció a SNOMED CT i Vocabularis Clínics Controlats, organitzat des del CCI, HL7 Spain i TicSalut. El curs de 10 hores es va fer a Barcelona i va comptar amb la participació de 9 alumnes de diferents regions d’Espanya.

Al taller es va realitzar una introducció a la terminologia biomèdica i a l’estàndard semàntic SNOMED CT. Es van descriure els components bàsics (conceptes, descripcions, relacions i historial) i avançats (mapejos, subconjunts i extensions) de SNOMED CT i es va explicar com crear Clinical Statements amb expressions post-coordinades. L’edició d’enguany també va incloure una presentació sobre serveis de terminologia i l’estàndard d’HL7 CTS2 (Common Terminology Services Release 2). El taller va finalitzar amb un repàs pels estàndards d’HL7, detallant com utilitzar CDA en combinació amb SNOMED CT per representar documents clínics i el significat del seu contingut, d’una manera inequívoca.

Els coneixements teòrics es van complementar amb exercicis pràctics i un cas d’ús de SNOMED CT pel domini d’al·lèrgies basat en l’experiència real del Sistema Sanitari Català. Els alumnes van instal·lar i utilitzar el navegador de SNOMED CT ClíniClue Xplore i el servidor de Terminologia ITS (Integrated Terminology System) d’Indizen per dur a terme les parts pràctiques.

Al següent enllaç es pot consultar el tríptic del taller: Taller presencial introducció a SNOMED CT i Vocabularis Clínics Controlats, edició Barcelona.

Llegir en català

Los pasados días 30 y 31 de mayo se realizó el taller presencial de introducción a SNOMED CT y Vocabularios Clínicos Controlados, organizado des del CCI, HL7 Spain y TicSalut. El curso de 10 horas tuvo lugar en Barcelona y contó con la participación de 9 alumnos de diferentes regiones de España.

En el taller se hizo una introducción a la terminología biomédica i al estándar semántico SNOMED CT. Se describieron los componentes básicos (conceptos, descripciones, relaciones e historial) y avanzados (subconjuntos, mapeos y extensiones) de SNOMED CT y se explicó cómo crear Clinical Statements con expresiones post-coordinadas. La edición de este año también incluyó una presentación sobre servicios de terminología y el estándar de HL7 CTS2 (Common Terminology Services Release 2). El taller finalizó con un repaso por los estándares de HL7, detallando como utilizar CDA en combinación con SNOMED CT para representar documentos clínicos y el significado de su contenido, de una manera inequívoca.

Los conocimientos teóricos se complementaron con ejercicios prácticos y un caso de uso de SNOMED CT para el dominio de alergias basado en la experiencia real del Sistema Sanitario Catalán. Los alumnos instalaron y utilizaron el navegador de SNOMED CT ClíniClue Xplore y el servidor de Terminología ITS (Integrated Terminology System) de Indizen para realizar las partes prácticas.

En el siguiente enlace se puede consultar el tríptico del taller: Taller presencial de introducción a SNOMED CT y Vocabularios Clínicos Controlados, edición Barcelona.

Segona versió de l’extensió catalana de SNOMED CT

Leer en castellano

El passat 20 de desembre es va publicar la segona versió de l’extensió catalana de SNOMED CT. Aquesta versió està basada en l’ES-ARG del 31/10/2012 i l’INT del 31/07/2012 de SNOMED CT i conté els següents subconjunts:

Subconjunt AP (Anatomia Patològica)
Creat a partir dels treballs del CAP (Col·legi de Patòlegs Americà), s’ha actualitzat i adaptat a les necessitats del Sistema Sanitari Català. El subconjunt ha passat de quasi 72.000 conceptes disponibles a la primera versió, a uns 18.000 i s’hi han afegit molts termes nous, alguns provinents de la CIO-3 (Classificació Internacional d’Oncologia 3a edició). El microglossari també s’ha treballat, ampliant-lo d’uns 4.000 conceptes de la primera versió, a quasi 6.000. Aquest element es pot veure com un subconjunt del subconjunt, que actua com a llista dinàmica de termes preferits. El subconjunt d’AP es distribueix en format estàndard d’IHTSDO i Access reduït. Actualment s’està treballant per elaborar la documentació que expliqui els canvis i l’evolució del subconjunt des de la seva creació.

Subconjunt vacunes
Està format per 42 immunitzacions de l’eix de productes biològic farmacèutic de SNOMED CT, que s’han seleccionat a partir del catàleg que s’usava a HC3 (Història Clínica Compartida de Catalunya). També s’han inclòs les vacunes contemplades al projecte europeu epSOS i les considerades pel grup d’experts en el domini. Aquest subconjunt es distribueix en format estàndard d’IHTSDO i Excel. En el següent enllaç es pot consultar la documentació del component:

Subconjunts al·lèrgies
L’objectiu principal és informar les alertes a HC3, de manera que s’ha començat per les al·lèrgiques. Aquest és un domini complex, ja que pot incloure trastorns (al·lèrgia al pol·len), manifestacions (rinitis al·lèrgica per pol·len), proves confirmatòries de laboratori (pol·len IgE), agents causals (pol·len), etc. En el cas del Sistema Sanitari Català s’informen les manifestacions en CIM-9-MC i CIM-10, així com proves de laboratori en LOINC. Per relacionar els diferents subdominis i vocabularis s’han usat mapejos a SNOMED CT. També s’han tingut en compte els trastorns deguts als agents causals contemplats a epSOS, així com als provinents del peticionari de l’hospital de Sabadell. El grup d’experts en el domini i documentalistes també han proporcionat conceptes a considerar. Les manifestacions s’han triat seguint una classificació de gravetat anomenada CCS (Clinical Classification Software).

Per representar la diversitat explicada, s’han creat varis subconjunts, diferenciant entre trastorns i manifestacions. També s’ha creat un subconjunt d’alertes al·lèrgiques que conté tots els trastorn i les manifestacions més greus (quasi totes anafilaxis). A més a més, s’ha creat un subconjunt per cada tipus d’agent causal, diferenciant entre medicamentosos, alimentàries i altres. En total, s’han creat els 9 subconjunts següents (el contingut dels quals es pot repetir parcialment):

  • (1) Alertes al·lèrgiques 2044 membres.
  • (2) Trastorns 2016 conceptes:
    • (3) Medicamentosos 1537 conceptes.
    • No medicamentosos:
      • (4) Alimentaris 191 membres.
      • (5) No alimentaris 288 conceptes.
  • (6) Manifestacions 108 conceptes:
    • (7) Medicamentoses 11 conceptes.
    • No medicamentoses:
      • (8) Alimentàries 28 conceptes.
      • (9) No alimentàries 69 membres.

Aquests components es distribueixen en format estàndard d’IHTSDO i Excel. La documentació dels subconjunts es pot consultar als enllaços següents:

Subconjunt d’idioma català
Conformat per les descripcions traduïdes al català, de moment les 85 del subconjunt de vacunes. Aquest component s’anirà ampliant a mida que es vagin traduint més dominis. Es preveu que els següents seran els d’al·lèrgies i el microglossari d’AP. Aquest subconjunt es distribueix en format estàndard d’IHTSDO.

Actualment s’està treballant en la creació d’un diccionari clínic basat en SNOMED CT, així com en els dominis de Prestacions i MM (Malalties Minoritàries).

Amb l’extensió catalana també es distribueixen els següents documents:

L’OFSTI (Oficina d’Estàndards i Interoperabilitat) és la responsable de l’estàndard semàntic a Catalunya. El CCI (Centre de Competències d’Integració) dóna suport, entre d’altres, a l’OFSTI, en la creació de subconjunts de SNOMED CT i en la gestió de l’extensió catalana. Al web de l’OFSTI es pot omplir el formulari per accedir a l’àrea de descàrrega i al de peticions de contingut:

Llegir en català

El pasado 20 de diciembre se publicó la segunda versión de la extensión catalana de SNOMED CT. Esta versión está basada en la ES-ARG del 31/10/2012 y la INT del 31/07/2012 de SNOMED CT y contiene los siguientes subconjuntos:

Subconjunto AP (Anatomía Patológica)
Creado a partir de los trabajos del CAP (Colegio de Patólogos Americano), se ha actualizado y adaptado a las necesidades del Sistema Sanitario Catalán. El subconjunto ha pasado de casi 72.000 conceptos disponibles en la primera versión, a unos 18.000 y se le han añadido muchos términos nuevos, algunos provenientes de la CIO-3 (Clasificación Internacional de Oncología 3a edición). El microglosario también se ha trabajado, ampliándolo de unos 4.000 conceptos en la primera versión, a casi 6.000. Este elemento se puede ver como un subconjunto del subconjunto, que actúa como un lista dinámica de términos preferidos. El subconjunto de AP se distribuye en formato estándar de IHTSDO y Access reducido. Actualmente se está trabajando para elaborar la documentación que explique los cambios y la evolución del subconjunto des de su creación.

Subconjunto vacunas
Está formado por 42 inmunizaciones del eje de producto biológico farmacéutico de SNOMED CT, que se han seleccionado a partir del catálogo que se usaba en HC3 (Historia Clínica Compartida de Catalunya). También se han incluido las vacunas contempladas en el proyecto europeo epSOS y las consideradas por el grupo de expertos en el dominio. Este subconjunto se distribuye en formato estándar de IHTSDO y Excel. En el siguiente enlace se puede consultar la documentación del componente (CAT):

Subconjuntos alergias
El objetivo principal es informar las alertas en HC3, de manera que se ha empezado por las alérgicas. Este es un dominio complejo, ya que puede incluir trastornos (alergia al polen), manifestaciones (rinitis alérgica por polen), pruebas confirmatorias de laboratorio (polen IgE), agentes causales (polen), etc. En el caso del Sistema Sanitario Catalán se informan las manifestaciones en CIE-9-MC y CIE-10, así como pruebas de laboratorio en LOINC. Para relacionar los distintos subdominios y vocabularios se han usado mapeos a SNOMED CT. También se han tenido en cuenta los trastornos debidos a los agentes causales contemplados en epSOS, así como los provenientes del peticionario del hospital de Sabadell. El grupo de expertos en el dominio y documentalistas también ha proporcionado conceptos a considerar. Las manifestaciones se han escogido siguiendo una clasificación de gravedad denominada CCS (Clinical Classification Software).

Para representar la diversidad explicada, se han creado varios subconjuntos, diferenciando entre trastornos y manifestaciones. También se ha creado un subconjunto de alertas alérgicas que contiene todos los trastornos y las manifestaciones más graves (casi todas anafilaxias). A demás, se ha creado un subconjunto para cada tipo de agente causal, diferenciando entre medicamentosos, alimentarios y otros. En total, se han creado 9 subconjuntos siguientes (el contenido de los cuales se puede repetir parcialmente):

  • (1) Alertas alérgicas 2044 miembros.
  • (2) Trastornos 2016 conceptos:
    • (3) Medicamentosos 1537 conceptos.
    • No medicamentosos:
      • (4) Alimentarios 191 miembros.
      • (5) No alimentarios 288 conceptos.
  • (6) Manifestaciones 108 conceptos:
    • (7) Medicamentosas 11 conceptos.
    • No medicamentosos:
      • (8) Alimentarias 28 conceptos.
      • (9) No alimentarias 69 miembros.

Estos componentes se distribuyen en formato estándar de IHTSDO y en Excel. La documentación de los subconjuntos se puede consultar en los enlaces siguientes (CAT):

Subconjunto de idioma catalán
Conformado por las descripciones traducidas al catalán, de momento las 85 del subconjunto de vacunas. Este componente se irá ampliando a medida que se vayan traduciendo más dominios. Se prevé que los siguientes sean los de alergias y el microglosario de AP. Este subconjunto se distribuye en formato estándar de IHTSDO.

Actualmente se está trabajando en la creación de un diccionario clínico basado en SNOMED CT, así como en los dominios de Prestaciones y ER (Enfermedades Raras/Minoritarias).

Con la extensión catalana también se distribuyen los siguientes documentos (CAT):

La OFSTI (Oficina d’Estàndards i Interoperabilitat) es la responsable del estándar semántico en Catalunya. El CCI (Centre de Competències d’Integració) ofrece soporte, entro otros, a la OFSTI, en la creación de subconjuntos de SNOMED CT y en la gestión de la extensión catalana. En la web de la OFSTI se puede rellenar el formulario para acceder al área de descarga y al de peticiones de contenido:

Manual d’usuari de CliniClue Xtend

Leer en castellano

CliniClue Xtend és una senzilla eina desenvolupada per The Clinical Information Consultancy Ltd, que permet convertir els fitxers .txt de SNOMED CT en format estàndard que proporciona IHTSDO, al format propietari que requereix CliniClue Xplore (ClueData).

Com a requeriments previs al seu ús, cal registrar-se de forma gratuïta al web de CliniClue, i tenir instal·lada la última versió del CliniClue Xplore i de CliniClue Xtend.

L’eina s’utilitza:

  • Després d’instal·lar l’eina, verificar que l’estructura de carpetes “cluedata”, db” i “source” existeixen dins del directori “CicFactory” que s’ha creat amb la instal·lació. Quedant de la següent forma:

  • Un cop fet, col·locar a la carpeta “cluedata” tots els fitxers que composen la versió internacional en format “Cluedata”, i la versió que es vol convertir a la carpeta “source” (aquest últim amb format estàndard IHTSDO). Cal que es conservi l’estructura de les subcarpetes internes de la terminologia tals com “Subsets”, “Terminology”… en cas que falti alguna d’elles, s’ha de crear manualment sense contingut.

  • Completar els camps necessaris com el nom de la nova edició, i iniciar la conversió, aquesta pot tardar en acabar-se.
  • El resultat serà un fitxer en format ZIP, que s’importarà des de l’eina CliniClue Xplore.
  • Un cop obert el CliniClue Xplore, seguir els passos:
    • File -> CliniClue Online Update -> Update from a File -> Browse.

  • Importar.
  • File -> SNOMED CT Edition Selector -> Editions -> Seleccionar l’edició desitjada -> Apply.

Automàticament es reiniciarà CliniClue i ja estarà disponible la nova edició per treballar amb ella.

Vídeo tutorial:

YouTube Preview Image

 

Manual de l’eina CliniClue Xplore:
http://www.slideshare.net/cci_tcm/manual-dusuari-clini

Llegir en català

CliniClue Xtend es una sencilla herramienta desarrollada por The Clinical Information Consultancy Ltd, que permite convertir los ficheros .txt de SNOMED CT en formato estándar que proporciona IHTSDO, al formato propietario que requiere CliniClue Xplore (ClueData).

Como a requerimientos previos a su uso, es necesario registrarse de forma gratuita en la web de CliniClue, tener instalada la última versión de CliniClue Xplore y  de CliniClue Xtend.

La herramienta se utiliza:

  • Después de instalar la herramienta, verificar que la estructura de carpetas “cluedata”, “db” y “source” existen dentro el directorio “CicFactory” que se ha creado con la instalación. Quedando con la siguiente forma:

  • Una vez hecho, colocar en la carpeta “cluedata” todos los ficheros que componen la versión internacional en formato “Cluedata”, y la versión que se quiere convertir en la carpeta “source” (este último en formato estándar IHTSDO). Es necesario que se conserve la estructura de las subcarpetas internas de la terminología como las “Subsets”, “Terminology”… en caso que falte alguna de ellas, se tiene que crear manualmente sin contenido.

  • Completar los campos necesarios como el nombre de la nueva edición, e iniciar la conversión, esta puede tardar en acabarse.
  • El resultado será un fichero en formato ZIP, que se importará des de la herramienta CliniClue Xplore.
  • Una vez abierto el CliniClue Xplore, seguir los pasos:
    • File -> CliniClue Online Update -> Update from a File -> Browse.

  • Importar.
  • File -> SNOMED CT Edition Selector -> Editions -> Seleccionar la edición deseada -> Apply.



Automáticamente se reiniciara CliniClue y ya estará disponible la nueva edición para trabajar con ella.

Vídeo tutorial:
YouTube Preview Image

Manual de usuario de CliniClue Xplore:
http://www.slideshare.net/cci_tcm/manual-usuario-clinicluecast

CCI participa en la impartició del taller d’introducció a SNOMED CT i vocabularis clínics controlats

Leer en castellano

El Centre de Competències d’Integració va participar en la impartició del taller d’introducció a SNOMED CT i vocabularis clínics controlats, organitzat per HL7 Spain. La sessió es va realitzar a Barcelona, els passats dies 15 i 16 de novembre, i també va comptar amb una ponència de l’Oficina d’Estàndards i Interoperabilitat.

El taller va començar amb una presentació de tots els assistents i un repàs als estàndards d’HL7. Es va realitzar una introducció a la terminologia biomèdica i es van explicar els components bàsics i avançats de SNOMED CT. També es va presentar una guia de la gramàtica de l’estàndard, per construir expressions clíniques a través de la post-coordinació. Aquests coneixements es van compaginar amb exercicis pràctics i un cas d’ús basat en l’experiència real del Sistema Sanitari Català. Per acabar, es va introduir l’estàndard CDA R2 i es van presentar les estratègies i eines necessàries per desplegar SNOMED CT a una xarxa assistencial.

L’assistència al taller va ser de 9 alumnes, 4 d’ells de Navarra:

Es pot consultar més informació sobre la formació que el CCI ofereix a través del web: Formació i jornades.

Llegir en català

El Centre de Competències d’Integració participó en la impartición del taller de introducción a SNOMED CT y vocabularios clínicos controlados, organizado por HL7 Spain. La sesión se realizó en Barcelona, los días 15 y 16 de Noviembre y también contó con una ponencia de la Oficina d’Estàndards i Interoperabilitat.

El taller empezó con una presentación de todos los asistentes y un repaso a los estándares de HL7. Se realizó una introducción a la terminología biomédica y se explicaron los componentes básicos y avanzados de SNOMED CT. También se presentó una guía de la gramática del estándar, para construir expresiones clínicas a través de la post-coordinación. Estos conocimientos se compaginaron con ejercicios prácticos y un caso de uso basado en la experiencia real del Sistema Sanitario Catalán. Para acabar, se introdujo el estándar CDA R2 y se presentaron las estrategias y herramientas necesarias para desplegar SNOMED CT en una red asistencial.

La asistencia al taller fue de 9 alumnos, 4 de ellos de Navarra:

Se puede consultar más información sobre la formación que ofrece CCI a través de la web: Formación y jornadas.

Taller d’interoperabilitat semàntica, 3a ed curs SNOMED CT

Leer en castellano

El Centre de Competències d’Integració va realitzar els passats dies 3 i 4 d’octubre el taller d’interoperabilitat semàntica (3a edició del curs de SNOMED CT), promogut per l’OFSTI (Oficina d’Estàndards i Interoperabilitat). L’edició d’enguany es va realitzar a l’alula 213 de l’edifici universitària del Tecnocampus Mataró-Maresme, coneguda com a sala màster o postgrau.

Al curs es van presentar els tipus de vocabularis i terminologia que es poden trobar en l’àmbit de la salut per, posteriorment, explicar en detall els components bàsics de SNOMED CT i els mecanismes avançats. Es va presentar l’estat de l’art de les eines que treballen amb SNOMED CT, així com experiències d’implantació d’altres països i processos de gestió de l’estàndard. Els alumnes van poder treballar amb diferents navegadors de SNOMED CT (CliniClue Xplore, SNOB i ITS). Tots aquests continguts es van reforçar amb exercicis pràctics basats en experiències reals del Sistema Sanitari Català.

El taller va comptar amb la participació de 12 alumnes procedents de diferents regions d’Espanya, entre elles, València, Santander o Bilbao:

Es pot trobar més informació sobre la formació que el CCI ofereix a través del web: Formació i jornades. El calendari ja compta amb algunes sessions per la temporada 2012-2013.

Llegir en català

El Centre de Competències d’Integració realizó, los pasados días 3 y 4 de octubre el taller de interoperabilidad semántica (3a edición del curso de SNOMED CT), promovido por la OFSTI (Oficina d’Estàndards i Interoperabilitat). La edición de este año se llevó a cabo en el aula 213 del edificio universitario de Tecnocampus Mataró-Maresme, también llamada sala máster o posgrado.

En el curso se presentaron los tipos de vocabularios y terminologías que se pueden encontrar en el ámbito de la salud para, posteriormente, explicar en detalle los componentes básicos de SNOMED CT y los mecanismos avanzados. Se presentó el estado del arte de las herramientas que trabajan con SNOMED CT, así como experiencias de implantación de otros paises y procesos de gestión del estándar. Los alumnos pudieron trabajar con distintos navegadores de SNOMED CT(CliniClue XploreSNOBITS).  Todos estos contenidos se reforzaron con ejercicios prácticos basados en la experiencia real del Sistema Sanitario Catalán.

El taller contó con la participación de 12 alumnos procedentes de distintas regiones de España, entre ellas Valencia, Santander y Bilbao:

Se puede encontrar más información sobre la formación que el CCI ofrece a través de la web: Formación y jornades. El calendario ya cuenta con algunas sesiones para la temporada 2012-2013.

Formació SNOMED CT

Leer en castellano

El CCI-TCM (Centre de Competències d’Integració de la fundació Tecnocampus Mataró-Maresme) ofereix serveis de formació en l’àmbit dels Entorns d’Interoperabilitat i el de la Terminologia. Aquesta entrada té per objectiu presentar i explicar en detall les diferents modalitats i tipologies de formació relacionada amb SNOMED CT:

Tallers d’interoperabilitat semàntica al TCM
Aquesta mena de tallers s’organitzen des del CCI-TCM i es realitzen al Tecnocampus Mataró-Maresme, amb la col·laboració de la fundació TicSalut. S’han realitzat dues edicions i la tercera, la inscripció de la qual ja està oberta, està programada pels dies 3 i 4 d’octubre del 2012. La informació sobre aquesta 3a edició es pot consultar a l’enllaç següent: tríptic. A aquesta mena de formació s’expliquen els diferents tipus de llenguatges i vocabularis controlats, es fa una introducció a SNOMED CT i s’aprofundeix en els mecanismes de conjunts de referències creuades (mapejos), subconjunts i extensions. També s’ofereix una visió general del procés de gestió de SNOMED CT a Catalunya i en línia amb el MSSSI (Ministerio de Sanidad, Servicios Sociales e Igualdad) i epSOS (projecte europeu de compartició d’informació clínica), i es fa un repàs a les eines existents que permeten treballar amb la terminologia. Les explicacions teòriques d’aquests conceptes es combinen amb exercicis pràctics de navegació i codificació amb SNOMED CT i de creació de components. El taller d’enguany compta amb varies novetats:

  • Presentació dels subconjunts de SNOMED CT creats per l’HC3 i pautes d’implantació i ús.
  • Cas pràctic de creació de components basat en l’experiència real del Sistema Sanitari Català.
  • Presentació i pràctica del navegador SNOB a més a més de CliniClue Xplore.
  • Cas real de navegació i codificació a partir de l’experiència real de l’Hospital Clínic de Barcelona.

Tallers de SNOMED CT amb HL7
El CCI-TCM ha col·laborat amb HL7 en la impartició de varis tallers sobre SNOMED CT i vocabularis clínics controlats, a diferents Comunitats Autònomes. Aquestes modalitats solen ser més concentrades que els tallers d’interoperabilitat semàntica i inclouen una part d’HL7 i CDA que permet obtenir una visió general de com transmetre i compartir la informació codificada en SNOMED CT.
El dia 18 de juny va començar la primera edició online d’aquesta mena de cursos amb el taller virtual d’introducció a SNOMED CT. L’edició e-learning, programada en 5 setmanes, ha permès augmentar el nivell de detall amb el qual es tracta cada part de SNOMED CT i maximitzar la part pràctica dels tallers. Cada setmana es lliura una unitat teòrica als alumnes, sobre la qual han de realitzar un qüestionari i una pràctica. La informació sobre aquesta primera edició online es pot consultar al següent enllaç: tríptic.

Jornades tècniques i altres accions de difusió
El CCI-TCM també ha participat en les dues edicions de la jornada tècnica de SNOMED CT que s’ha organitzat des de la fundació Doctor Robert, UAB. L’esdeveniment d’enguany va tenir molt d’èxit i va oferir una visió general de l’evolució de SNOMED CT al Sistema Sanitari Català orientada a experts en documentació clínica. El grup també ha participat en altres congressos i jornades que tenen per objectiu potenciar l’ús de les TIC al sector salut, com InforSalut, InforMed, FòrumCis, la segona reunió del foro de Interoperabilidad, etc. amb ponències sobre SNOMED CT.

La informació sobre els cursos, tallers, congressos, etc. en els quals està involucrat el CCI-TCM es pot trobar al web del grup:

La propera entrada tractarà sobre la formació que ofereix el CCI-TCM en l’àmbit dels EI (Entorns d’Interoperabilitat). Avançar que ja està oberta la inscripció per la segona edició del taller d’integració de dispositius mèdics amb Mirth Connect, els dies 26 i 27 de setembre del 2012. La informació relacionada i el formulari d’inscripció es poden consultar a l’enllaç que es presenta a continuació: tríptic.

Llegir en català

CCI-TCM (Centre de Competències d’Integració de la fundación Tecnocampus Mataró-Maresme) ofrece servicios de formación en el ámbito de los Entornos de Interoperabilidad y el de la Terminología. Esta entrada tiene por objetivo presentar y explicar en detalle las diferentes modalidades y tipologías de formación relacionada con SNOMED CT:

Talleres de interoperabilidad semántica en TCM
Este tipo de talleres se organizan des del CCI-TCM y se llevan a cabo en el Tecnocampus Mataró-Maresme, con la colaboración de la fundación TicSalut. Se han realizado dos ediciones y la tercera, cuya inscripción ya está abierta, está programada para los días 3 y 4 de Octubre del 2012. La información sobre esta 3a edición se puede consultar en el enlace siguiente: tríptico. En este tipo de formación se explican los diferentes tipos de lenguajes y de vocabularios controlados, se hace una introducción a SNOMED CT y se profundiza en los mecanismos de conjuntos de referencias cruzadas (mapeos), subconjuntos y extensiones. También se ofrece una visión general del proceso de gestión de SNOMED CT en Catalunya y en línea con el MSSSI (Ministerio de Sanidad, Servicios Sociales e Igualdad) y epSOS (proyecto europeo de compartición de información clínica), y se hace un repaso de las herramientas existentes que permiten trabajar con la terminología. Las explicaciones teóricas de estos conceptos se combinan con ejercicios prácticos de navegación y codificación con SNOMED CT, y de creación de componentes. El taller de este año cuenta con diversas novedades:

  • Presentación de los subconjuntos de SNOMED CT creados para HC3 y pautas de implantación y uso.
  • Caso práctico de creación de componentes basado en la experiencia real del  Sistema Sanitario Catalán.
  • Presentación y práctica del navegador SNOB, a demás de CliniClue Xplore.
  • Caso real de navegación y codificación a partir de la experiencia real del Hospital Clínic de Barcelona.

Talleres de SNOMED CT con HL7
CCI-TCM ha colaborado con HL7 en la impartición de varios talleres sobre SNOMED CT y vocabularios clínicos controlados, en diferentes Comunidades Autónomas. Estas modalidades suelen ser más concentradas que los talleres de interoperabilidad semántica y incluyen una parte de HL7 y CDA, que permite obtener una visión general sobre cómo transmitir y compartir la información codificada con SNOMED CT.
El día 18 de Junio empezó la primera edición online de este tipo de cursos, con el taller virtual de introducción a SNOMED CT. La edición e-learning, programada en 5 semanas, ha permitido aumentar el nivel de detalle con el que se trata cada parte de SNOMED CT y maximizar la parte práctica. Cada semana se entrega a los alumnos una unidad teórica, sobre la cual tienen que realizar un cuestionario y una práctica. La información sobre esta primera edición online se puede consultar en el siguiente enlace: tríptico.

Jornadas técnicas y otras acciones de difusión
CCI-TCM también ha participado en las dos ediciones de la jornada técnica de SNOMED CT, organizada des de la fundación Doctor Robert, UAB. El evento de este año ha tenido un gran éxito y ofreció una visión general de la evolución de SNOMED CT en el Sistema Sanitario Catalán orientada a expertos en documentación clínica. El grupo también ha participado en otros congresos y jornadas que tienen por objetivo potenciar el uso de la TIC en el sector salid, como InforSalut, InforMed, FòrumCis, la segunda reunión del foro de Interoperabilidad, etc. con ponencias sobre SNOMED CT.

La información sobre los cursos, talleres, congresos, etc. en los que está involucrado el CCI-TCM se pueden encontrar en la web del grupo:

La siguiente entrada tratará sobre la formación que ofrece CCI-TCM en el ámbito de los EI (Entornos de Interoperabilidad). Adelantar que ya está abierta la inscripción para la segunda edición del taller de integración de dispositivos médicos con Mirth Connect, los días 26 y 27 de Setiembre del 2012. La información relacionada y el formulario de inscripción se pueden consultar en el enlace que se presenta a continuación: tríptico.

SNOB (SNOmed Browser)

Leer en castellano

Aquet post no vol ser un manual, el que vol és mostrar les funcionalitats que té l’aplicació.

SNOB és un software gratuït que permet la navegació pel contingut de SNOMED CT, i proporciona unes funcionalitats molt útils per treballar amb aquest vocabulari. L’eina permet importar qualsevol versió de la terminologia.

Per explicar SNOB, en dividirem la interfície en quatre zones:

1. El cercador.

2. El navegador del contingut de SNOMED CT.

3. La informació del concepte.

4. Pissarra per col·locar-hi part del navegador SNOMED CT.

La navegació la permet realitzar mitjançant un cercador amb un camp de text (1), al qual se li pot indicar un/s mot/s o bé el conceptId, i ens mostrarà les coincidències, o bé navegant per l’arbre jeràrquic (2), on es mostrarà tota la informació referent aquell concepte al centre de la pantalla, i a l’extrem inferior esquerra (3).

La zona inferior dreta (4), està destinada a col·locar-hi part de la jerarquia que ens interessi, per poder treballar paral·lelament amb dues jerarquies i poder fer consultes a SNOMED CT més eficients i precises.

Les principals funcionalitats que proporciona l’aplicació són:

– Duplicar la pantalla per tal de treballar amb dues interfícies simultàniament (spawn), ja sigui amb la mateixa o diferent BBDD. Automàticament manté el paral·lelisme amb les interfícies, és a dir, si es selecciona un concepte a la interfície A, quedarà seleccionat també a la B.

– Permet la creació i gestió de subsets de SNOMED CT. Es pot crear un subconjunt i assignar-hi tants conceptes com es vulgui de forma senzilla, i treballar amb tots o únicament amb els conceptes que es trobin dins el subset actiu. Posteriorment, es pot exportar el llistat que el forma en format CSV, amb l’estructura estàndard.

– La versió internacional de SNOMED CT, té el mapeig entre SNOMED CT i la CIM-9-MC. Aquest conjunt de referències creuades pot ser importat a SNOB i es podran consultar les correspondències que el conformen. Per exemple si busquem el concepte 229706001, veiem:

– La post-coordinació serveix per donar un valor als atributs que tingui associats a un concepte, i mostrar la sintaxi de l’expressió clínica resultant. Per exemple assignem valors als atributs del concepte:

Resultat en forma d’expressió:

– Facilita l’enviament de comentaris d’un concepte via e-mail, adjuntant tota la informació de la BBDD que s’utilitza i la versió de SNOMED CT importada.

– A cada concepte es pot assignar una nota. I les notes podran estar agrupades per temes per tal de poder filtrar i cercar de forma ràpida un grup concret de conceptes/notes.

 

Obtenció de SNOB:

– Pàg. principal: http://snob.eggbird.eu/index.html

– Descàrrega: http://snob.eggbird.eu/download.html

 

Obtenció de SNOMED CT:

Per obtenir SNOMED CT es pot visitar la web de l’OFSTI (Oficina d’Estàdnards i Interoperabilitat) de la Fundació TicSalut, en el cas de Catalunya (versions internacionals INT i ES-ARG i extensió catalana):

http://www.gencat.cat/salut/ticsalut/html/ca/dir3475/index.html

O la del MSSSI (Ministerio de Sanidad, Servicios Sociales e Igualdad) en l’àmbit espanyol (versions internacionals INT i ES-ARG):

http://www.msps.es/profesionales/hcdsns/areaRecursosSem/snomed-ct/areaDescarga.htm

En qualsevol d’ambdues planes es proporcionarà un formulari per sol·licitar la llicència de SNOMED CT.

El CCI-TCM (Centre de Competències d’Integració de la fundació Tecnocampus Mataró-Maresme) ha redactat un manual d’usuari de SNOB. A l’apartat de publicacions del web del CCI-TCM es poden trobar altres manuals, com el del navegador de SNOMED CT CliniClue  Xplore.

Llegir en català

Este post no quiere ser un manual, lo que quiere es mostrar las funcionalidades que tiene la aplicación.

SNOB es un software gratuito que permite la navegación por el contenido de SNOMED CT, y proporciona unas funcionalidades muy útiles para trabajar con este vocabulario. La herramienta permite importar cualquier versión de la terminología.

Para explicar SNOB, dividiremos la interfaz en cuatro zonas:

1. El buscador.

2. El navegador del contenido de SNOMED CT.

3. La información del concepto.

4. Pizarra para colocar parte del navegador SNOMED CT.

La navegación la permite realizar mediante un buscador con un campo de texto (1), al cual se le puede indicar una/s palabra/s o bien el conceptId, y nos mostrará las coincidencias, o bien navegando por el árbol jerárquico (2), donde se mostrará toda la información referente a aquel concepto en el centro de la pantalla, y en el extremo inferior izquierda (3).

La zona inferior derecha (4), está destinada a colocar parte de la jerarquía que nos interese, para poder trabajar paralelamente con dos jerarquías y poder hacer consultas a SNOMED CT más eficientes y precisas.

Las principales funcionalidades que proporciona la aplicación son:

– Duplicar la pantalla para trabajar con dos interfaces simultáneamente (spawn), ya sea con la misma o diferente BBDD. Automáticamente mantiene el paralelismo con las interfaces, es decir, si se selecciona un concepto en la interfaz A, quedará seleccionado también en la B.

– Permite la creación y gestión de subsets de SNOMED CT. Se puede crear un subconjunto y asignar tantos conceptos como se quiera de forma sencilla, y trabajar con todos o únicamente con los conceptos que se encuentren dentro del subset activo. Posteriormente, se puede exportar el listado que lo forma en formato CSV, con la estructura estándar.

– La versión internacional de SNOMED CT, tiene el mapeo entre SNOMED CT y la CIM-9-MC. Este conjunto de referencias cruzadas puede ser importado a SNOB y se podrán consultar las correspondencias que lo conforman. Por ejemplo si buscamos el concepto 229706001, vemos:

– La post-coordinación sirve para dar un valor a los atributos que tenga asociados un concepto, y mostrar la sintaxis de la expresión clínica resultante. Por ejemplo asignamos valores a los atributos del concepto:

Resultado en forma de expresión:

– Facilita el envío de comentarios de un concepto vía e-mail, adjuntando toda la información de la BBDD que se utiliza y la versión de SNOMED CT importada.

– A cada concepto se puede asignar una nota. Y las notas podrán estar agrupadas por temas para poder filtrar y buscar de forma rápida un grupo concreto de conceptos/notas.

 

Obtención de SNOB:

– Pág. principal: http://snob.eggbird.eu/index.html

– Descarga: http://snob.eggbird.eu/download.html

 

Obtención de SNOMED CT:

Para obtener SNOMED CT se puede visitar la web de la OFSTI (Oficina d’Estàndards i Interoperabilitat) de la Fundació TicSalut, en el caso de Cataluña (versiones internacionales INT y ES-ARG y extensión catalana):

http://www.gencat.cat/salut/ticsalut/html/ca/dir3475/index.html

O la del MSSSI (Ministerio de Sanidad, Servicios Sociales e Igualdad) en el ámbito español (versiones internacionales INT i ES-ARG):

http://www.msps.es/profesionales/hcdsns/areaRecursosSem/snomed-ct/areaDescarga.htm

En cualquier de ambas planas se proporcionará un formulario para solicitar la licencia de SNOMED CT.

El CCI-TCM (Centre de Competències d’Integració de la fundació Tecnocampus Mataró-Maresme) ha redactado un manual de usuario de SNOB. En el apartado de publicacions de la web del CCI-TCM se pueden encontrar otros manuales, como el del navegador de SNOMED CT CliniClue Xplore.

Fòrum Cis, SNOMED CT

Leer en castellano

La 10a edició del Fòrum Cis es va realitzar els dies 18, 19 i 20 d’abril a Barcelona. El CCI-TCM va participar a l’esdeveniment a través de dues comunicacions, una sobre el projecte WiFIS i una altra sobre la metodologia de creació de subconjunts de SNOMED CT. A l’apartat de congressos del web del CCI-TCM es poden consultar els esdeveniments als quals ha participat el grup: congressos.

La presentació sobre la metodologia de creació de subconjunts es mostra a continuació:

Com es va explicar a l’entrada “SNOMED CT (I)“, SNOMED CT és una terminologia clínica internacional i multillenguatge, amb milers de components (conceptes, descripcions i relacions). Aquest estàndard semàntic es pot relacionar amb altres vocabularis controlats a través de mapejos, permetent el seu ús com a terminologia de referència. SNOMED CT també ofereix la possibilitat d’agrupar components amb un propòsit determinat, per tal de simplificar el seu ús i minimitzar l’impacte de la seva implantació als sistemes d’informació. Aquest mecanisme de subconjunts permet treballar per prioritats, centrant els esforços per dominis i utilitzant el que és realment necessari. Els subconjunts permeten disposar de SNOMED CT en un idioma o dialecte, definir estructures de navegació alternatives, assignar prioritats a components o normalitzar dominis i contextos.

A la presentació realitzada al Fòrum Cis es va fer una breu introducció a la terminologia clínica i es va presentar la metodologia de creació de subconjunts que s’ha definit des del CCI-TCM i l’OFSTI (Oficina d’Estàndards i Interoperabilitat) de la fundació TicSalut. L’esquema platejat és un model iteratiu de millora contínua, basat en propostes i validacions per part d’un equip multidisciplinar. La metodologia definida s’ha usat per crear el subconjunt de vacunes de SNOMED CT, i s’està usant per definir els d’al·lèrgies, Prestacions Quirúrgiques i actualitzar el d’Anatomia Patològica (AP).

SNOMED CT inicialment es va crear per AP i, malgrat actualment conté molts més àmbits, és en aquest domini on es troben les experiències més madures i els casos d’èxit consolidats. Els professionals d’aquesta branca estan acostumats a utilitzar l’anomenat SNOMEDID, un codi que té cada concepte de SNOMED CT i que prové de versions antigues de l’estàndard. Aquest camp només es manté per compatibilitat i l’IHTSDO (organització responsable de SNOMED CT a nivell mundial) no es compromet a mantenir-lo, de fet ja ha anunciat que en el següent format de l’estàndard (Release Format 2, RF2) deixarà de fer-ho. Als professionals d’AP els resulta còmode usar aquesta mena de codis perquè contenen informació sobre el que estan codificant, de manera que si comencen per M, per exemple, es tracta de morfologia, per T, topologia, etc. Es considera, però, que el que ha d’identificar un concepte de SNOMED CT és el conceptId (identificador realment únic i permanent) i que no ha de contenir cap informació sobre el component: un identificador ha d’identificar, no definir. La imatge següent mostra la informació bàsica d’un concepte de SNOMED CT:

La riquesa de SNOMED CT fa que els conceptes no es puguin definir amb unes xifres. Cada terme es defineix amb les diferents descripcions que té i les relacions que el connecten amb altres conceptes. Si només ens fixem en el SNOMEDID, sense tenir en compte res més, estem perdent informació.

La descripció del SNOMEDID no es queda només a la primera lletra, en funció dels dígits també es poden diferenciar comportaments (p.e si la morfologia de la imatge acabés en 6 en comptes de 0, deixaria de ser benigne per ser metastàtica). Una de les preguntes que va sorgir al Fòrum Cis fou com diferenciar aquests comportaments, per exemple, si no s’ha d’usar el SNOMEDID. La qüestió admet diferents reflexions:

  • De moment el SNOMEDID no es perd, ja que s’està usant la darrera versió de l’estàndard com a terminologia de referència. D’aquesta manera, els professionals treballen amb el SNOMEDID però sempre s’inclou el conceptId, que és el que veritablement ofereix interoperabilitat semàntica.
  • Cal evolucionar els sistemes, dotar-los de més intel·ligència perquè aprofitin tota la informació que som capaços de recollir, comparar i compartir. Cada cop podrem prendre millors decisions i més fonamentades, però per això cal que les dades es presentin d’una forma eficient.
  • Aquesta intel·ligència pot ser passar a tenir en compte les relacions de SNOMED CT. Un dels serveis bàsics que ha de tenir un servidor terminològic és el de consultar de qui és fill o pare un concepte. Amb aquests serveis podem saber d’on penja un terme (de quin eix o subeix) o quins germans té.
  • El problema plantejat també es pot resoldre a través de subconjunts. Podem crear un component que agrupi, per exemple, totes les morfologies i, alhora, fer un subconjunt per cada comportament. Amb aquesta diferenciació es pot implantar un sistema d’alarmes en funció del comportament detectat.

Augmentar el nivell de detall de la recollida d’informació en millora l’explotació i permet fer més eficients els sistemes d’ajuda a la presa de decisions. SNOMED CT pot ajudar a assolir aquests objectius, a més de garantir la interoperabilitat semàntica, proporcionar la informació en diferents idiomes i ajudar a homogeneïtzar els processos assistencials.

Llegir en català

La 10a edición de Fòrum Cis se realizó los días 18, 19 y 20 de Abril en Barcelona. El CCI-TCM participó en el evento a través de dos comunicaciones, una sobre el proyecto WiFIS y otra sobre la metodología de creación de subconjuntos de SNOMED CT. En el apartado de congresos de la web del CCI-TCM de pueden consultar los eventos en los que ha participado el grupo: congresos.

La presentación sobre la metodología de creación de subconjuntos se muestra a continuación:

Como se explicó en la entrada “SNOMED CT (I)“, SNOMED CT es una terminología clínica internacional y multilenguaje, con miles de componentes (conceptos, descripciones y relaciones). Este estándar semántico se puede relacionar con otros vocabularios controlados a través de mapeos, permitiendo su uso como terminología de referencia. SNOMED CT también ofrece la posibilidad de agrupar componentes con un propósito determinado, para simplificar su uso y minimizar el impacto de su implementación en los sistemas de información. Este mecanismo de subconjuntos permite trabajar por prioridades, centrando los esfuerzos por dominios y usando lo que es realmente necesario. Los subconjuntos permiten disponer de SNOMED CT en un idioma o dialecto, definir estructuras de navegación alternativas, asignar prioridades a componentes o normalizar dominios y contextos.

En la presentación realizada en Fòrum Cis se hizo una breve introducción a la terminología clínica i se presentó la metodología de creación de subconjuntos que se ha definido des del CCI-TCM y la OFSTI (Oficina d’Estàndards i Interoperabilitat) de la fundación TicSalut. El esquema planteado es un modelo iterativo de mejora continua, basado en propuestas y validaciones de un equipo multidisciplinar. La metodología definida se ha utilizado para crear el subconjunto de vacunas de SNOMED CT, y se está usando para definir los de alergias, Prestaciones Quirúrgicas y actualizar el de Anatomía Patológica (AP).

SNOMED CT inicialmente se creó para AP y, a pesar de que actualmente contiene muchos más ámbitos, es en este dominio donde se encuentran las experiencias más maduras y los casos de éxito consolidados. Los profesionales de esta rama están acostumbrados a utilizar el denominado SNOMEDID, un código que tiene cada concepto de SNOMED CT y que proviene de versiones antiguas del estándar. Este campo solo se mantiene por compatibilidad y IHTSDO (organización responsable de SNOMED CT a nivel mundial) no se compromete a mantenerlo, de hecho ya se ha anunciado que en el siguiente formato del estándar (Release Format 2, RF2) dejará de hacerlo. A los profesionales de AP les resulta cómodo usar este tipo de códigos porqué contienen información sobre lo que se está codificando, de manera que si empieza por M, por ejemplo, se trata de morfología, por T, topología, etc. A pesar de esto, se considera que lo que tiene que identificar un concepto de SNOMED CT es el conceptId (identificador realmente único y permanente) y que no tiene que contener ninguna información sobre el componente: un identificador tiene que identificar, no definir. La imagen siguiente muestra la información básica de un concepto de SNOMED CT:

La riqueza de SNOMED CT hace que los conceptos no se puedan definir con unas cifras. Cada término se define con las diferentes descripciones que tiene y las relaciones que lo conectan con otros conceptos. Si solo nos fijamos en el SNOMEDID, sin tener en cuenta nada más, perdemos información.

La descripción del SNOMEDID no se queda solo en la primera letra, en función de los dígitos también se pueden diferenciar comportamientos (p.e si la morfología de la imagen acabara en 6 en lugar de en 0, dejaría de ser benigna para ser metastática). Una de las preguntas que surgió en Fòrum Cis fue como diferenciar estos  comportamientos, por ejemplo, si no se tiene que usar el SNOMEDID. La cuestión admite diferentes reflexiones:

  • De momento el SNOMEDID no se pierde, ya que se está usando la última versión del estándar como terminología de referencia. De esta manera, los profesionales trabajan con el SNOMEDID pero siempre se incluye el conceptId, que es el que verdaderamente ofrece interoperabilidad semántica.
  • Es necesario hacer evolucionar los sistemas, dotándolos de más inteligencia para que aprovechen toda la información que somos capaces de recoger, comparar y compartir. Cada vez podremos tomar mejores decisiones y más fundamentadas, pero para esto es necesario que los datos se presenten de forma eficiente.
  • Esta inteligencia puede ser pasar a tener en cuenta las relaciones de SNOMED CT. Uno de los servicios básicos de un servidor terminológico es el de consultar de quien es hijo o padre un concepto. Con este servicio se puede saber la procedencia de un término (de qué eje o subeje) o qué hermanos tiene.
  • El problema planteado también se puede resolver a través de subconjuntos. Podemos crear un subconjunto para que agrupe, por ejemplo, todas las morfologías y, a la vez, hacer un subconjunto para cada comportamiento. Con esta diferenciación se puede implantar un sistema de alarmas en función del comportamiento detectado.

Aumentar el nivel de detalle de la recogida de información mejora la explotación y permite hacer más eficientes los sistemas de ayuda a la toma de decisiones. SNOMED CT puede ayudar a conseguir estos objetivos, a demás de garantizar la interoperabilidad semántica, proporcionar la información en distintos idiomas y  ayudar a homogeneizar los procesos asistenciales.

SNOMED CT (I)

Leer en castellano

La semàntica a salut (III)

A les entrades anteriors sobre semàntica a salut s’han presentat els diferents tipus de vocabularis controlats que existeixen, des de dos punts de vista: el seu ús als sistemes d’informació i la seva estructura i objectiu.

Aquest post conformarà una introducció a un dels vocabularis controlats, una terminologia clínica d’interfase i/o de referència: SNOMED CT (Systematized Nomenclature of Medicine-Clinical Terms).

L’estàndard semàntic avarca diferents dominis de l’àmbit sanitari, és internacional, multillenguatge i utilitza components per modelar la realitat: conceptes, descripcions, relacions, etc. SNOMED CT està dissenyat, específicament, per representar, i identificar de manera única, el contingut dels documents clínics i el seu significat als SI (Sistemes d’Informació). Aquesta característica implica que es passa del format típic, amb un codi i una descripció, a una estructura elaborada amb múltiples camps, que es materialitza en una Base de Dades (BBDD) típicament relacional. La terminologia clínica no és un catàleg que hagin d’utilitzar directament els professionals assistencials, cal implantar-la als SI.

La complexitat de SNOMED CT també es deu a la seva mida, ja que conté (segons dades del 2008):

  • Més de 300.000 conceptes.
  • Més de 700.000 descripcions.
  • Més de 900.000 relacions.

Per combatre aquest inconvenient, la terminologia clínica compta amb els anomenats subconjunts: agrupacions de components amb un propòsit determinat. No cal utilitzar tot l’estàndard, només allò que es necessita, treballant per dominis i centrant esforços. La propera entrada terminològica tractarà amb més detall els subconjunts i el mapejos (correspondències entre SNOMED CT i altres vocabularis controlats) de SNOMED CT.

Els conceptes a SNOMED CT són la unitat mínima de significat, cadascun té dues o més descripcions, que poden ser de tres tipus diferents:

  • FSN: Fully Specified Name. És la descripció més formal que obligatòriament té cada concepte. Aquesta mena de literals es caracteritzen per incloure entre parèntesis l’eix o subeix del qual penja el concepte.
  • PT: Preferred Term o Terme Preferit. Correspon a la descripció més amigable, la que veurien els professionals. Cada concepte n’ha de tenir una.
  • SIN: Sinònims opcionals que poden tenir els conceptes.

L’estàndard també presenta relacions entre conceptes, les quals permeten conformar una estructura jeràrquica i aporten informació addicional.

La figura següent mostra informació associada a un concepte de SNOMED CT:

Concepte de SNOMED CT

S’observa el concepte que representa l’al·lèrgia al pol·len, que té com a identificador únic (ConceptId) 300910009 i dues descripcions, una FSN “alergia al polen (trastorno)” i una PT “alergia al polen”. Tots els components dins de SNOMED CT tenen un identificador únic. En l’exemple anterior també es pot veure el DescriptionId de la descripció FSN: 1367836016. A més a més, la imatge mostra les relacions que té el concepte:

  • La jeràrquica “es_un[a]” que indica el pare del concepte: “alergia a sustancia“.
  • La definitòria, que relaciona en aquest cas l’al·lèrgia amb el seu agent causal.

Per últim destacar l’existència dels qualificadors, conceptes que es poden aplicar al concepte principal per afegir informació (com la severitat d’una malaltia o el curs clínic d’un episodi).

 

SNOMED CT s’organitza en 19 eixos d’alt nivell o jerarquies, i es pot representar en forma d’arbre. Tots els conceptes de la terminologia, excepte l’arrel, tenen un o més pares i poden tenir varis fills. D’aquesta manera, la jerarquia és múltiple en ambdós sentits. Els eixos principals es poden veure com els diferents dominis que contempla SNOMED CT:

El vocabulari controlat va ser creat pel CAP (col·legi de patòlegs americà) i inicialment només contenia conceptes d’anatomia patològica. Com s’observa a la figura anterior, actualment presenta una gran diversitat. L’evolució de SNOMED CT està marcada per les dates següents:

  • 1965 SNOP creada pel CAP.
  • 1974 SNOMED.
  • 1979 SNOMED II.
  • 1993 SNOMED versió 3.0.
  • 1998 SNOMED versió 3.5.
  • 1999 SNOMED Reference Terminology (RT).
  • 1999 Aliança entre CAP i UK per fusionar SNOMED RT i CTV3.
  • 2002 SNOMED CT primera versió.
  • 2002 SNOMED CT primera edició espanyola (ES-ARG).
  • 2007 Transferència de SNOMED CT a l’IHTSDO.
  • 2009 Espanya entra a l’IHTSDO.

 

IHTSDO (International Health Terminology Standards Development Organisation) és l’entitat sense ànim de lucre, i amb seu a Dinamarca, que actualment distribueix, gestiona, manté, té els drets, etc. de SNOMED CT a nivell mundial. Els membres de l’organització són països, els representants dels quals s’anomenen NRC (National Release Center). El MSSSI (Ministerio de Sanidad, Servicios Sociales e Igualdad) és el NRC d’Espanya, i la responsabilitat de SNOMED CT a nivell català recau sobre l’OFSTI (Oficina d’Estàndards i Interoperabilitat) de la fundació TicSalut. El CCI-TCM dóna suport a l’OFSTI, centres proveïdors, empreses i administracions, en el desplegament i la implantació de la terminologia, tant a Catalunya com a d’altres CCAA (Comunitats Autònomes). A la plana web del CCI-TCM es poden consultar els diferents projectes en els quals el grup està involucrat: línia terminologia.

El CCI-TCM ha realitzat un manual d’usuari pel navegador de SNOMED CT CliniClue Xplore. Aquesta eina lliure permet realitzar cerques i consultes de conceptes, així com navegar per l’estructura de la terminologia a través d’un arbre. El manual, en català i castellà, es pot trobar a la secció de publicacions del web del CCI-TCM. També està disponible en forma de vídeo-tutorial a la part de vídeos.

Entrades relacionades:

La semàntica a salut (I)

La semàntica a salut (II)

Llegir en català

La semántica en salud (III)

En los anteriores posts sobre semántica en salud se han presentado los distintos tipos de vocabularios que existen, desde dos puntos de vista: su uso en los sistemas de información y su estructura y objetivo.

Esta entrada conformará una introducción a uno de los vocabularios controlados, una terminología clínica de interface y/o de referencia: SNOMED CT (Systematized Nomenclature of Medicine-Clinical Terms).

El estándar semántico abarca distintos dominios del ámbito sanitario, es internacional, multilenguaje y utiliza componentes para modelar la realidad: conceptos, descripciones, relaciones, etc. SNOMED CT está diseñado, específicamente, para representar, e identificar de manera única, el contenido de los documentos clínicos y su significado en los SI (Sistemas de Información). Esta característica implica que se pasa del formato típico, con un código y una descripción, a una estructura elaborada con múltiples campos, que se materializa en una Base de Datos (BBDD) típicamente relacional. La terminología clínica no es un catálogo que vayan a usar directamente los profesionales asistenciales, es necesario implantarla en los SI.

La complejidad de SNOMED CT también se debe a su tamaño, ya que contiene (según fuentes del 2008):

  • Más de 300.000 conceptos.
  • Más de 700.000 descripciones.
  • Más de 900.000 relaciones.

Para combatir este inconveniente, la terminología clínica cuenta con los llamados subconjuntos: agrupaciones de componentes con un propósito determinado. No es necesario utilizar todo el estándar, solo lo que se requiere, trabajando por dominios y centrando esfuerzos. La siguiente entrada terminológica tratará con más detalle los subconjuntos y los mapeos (correspondencias entre SNOMED CT y otros vocabularios controlados) de SNOMED CT.

Los conceptos en SNOMED CT son la unidad mínima de significado, cada uno tiene dos o más descripciones, que pueden ser de tres tipos distintos:

  • FSN: Fully Specified Name. Es la descripción más formal que obligatoriamente tiene cada concepto. Este tipo de literales se caracterizan por incluir, entre paréntesis, el eje o subeje del cual cuelga el concepto.
  • PT: Preferred Term o Terme Preferit. Corresponde a la descripción más amigable, la que verían los profesionales. Cada concepto tiene que tener una.
  • SIN: Sinónimos opcionales que pueden tener los conceptos.

El estándar también presenta relaciones entre conceptos, las cuales permiten conformar una estructura jerárquica y aportan información adicional.

La figura siguiente muestra la información de un concepto de SNOMED CT:

Concepte de SNOMED CT

Se observa el concepto que representa la alergia al polen, que tiene como identificador único (ConceptId) 300910009 y dos descripciones, una FSN “alergia al polen (trastorno)” y una PT “alergia al polen”. Todos los componentes dentro de SNOMED CT tienen un identificador único. En el ejemplo anterior también se puede ver el DescriptionID de la descripción FSN: 1367836016. A demás, la imagen muestra las relaciones que tiene el concepto:

  • La jerárquica “es_un[a]” que indica el padre del concepto: “alergia a sustancia“.
  • La definitoria, que relaciona en este caso la alergia con su agente causal.

Por último destacar la existencia de los calificadores, conceptos que se pueden aplicar al concepto principal para añadir información (como la severidad de una enfermedad o el curso clínico de un episodio).

 

SNOMED CT se organiza en 19 ejes de alto nivel o jerarquías, y se puede representar en forma de árbol. Todos los conceptos de la terminología, excepto la raíz, tienen uno o más padres, y pueden tener varios hijos. De esta manera, la jerarquía es múltiple en ambos sentidos. Los ejes principales se pueden ver como los diferentes dominios que contempla SNOMED CT:

El vocabulario controlado fue creado por el CAP (colegio de patólogos americano), inicialmente solo contenía conceptos de anatomía patológica. Como se observa en la figura anterior, actualmente presenta una gran diversidad. La evolución de SNOMED CT está marcada por las fechas siguientes:

  • 1965 SNOP creada por el CAP.
  • 1974 SNOMED.
  • 1979 SNOMED II.
  • 1993 SNOMED versión 3.0.
  • 1998 SNOMED versión 3.5.
  • 1999 SNOMED Reference Terminology (RT).
  • 1999 Alianza entre CAP y UK para fusionar SNOMED RT y CTV3.
  • 2002 SNOMED CT primera versión.
  • 2002 SNOMED CT primera edición española (ES-ARG).
  • 2007 Transferencia de SNOMED CT a IHTSDO.
  • 2009 España entra en la IHTSDO.

 

IHTSDO (International Health Terminology Standards Development Organisation) es la entidad sin ánimo de lucro, y con sede en Dinamarca, que actualmente distribuye, mantiene, gestiona, tiene los derechos, etc. de SNOMED CT a nivel mundial. Los miembros de la organización son países, los representantes de los cuales se denominan NRC (National Release Center). El MSSSI (Ministerio de Sanidad, Servicios Sociales e Igualdad) es el NRC de España, y la responsabilidad de SNOMED CT a nivel catalán recae en la OFSTI (Oficina d’Estàndards i Interoperabilitat) de la fundación TicSalut. El CCI-TCM da suporte a la OFSTI, centros proveedores, empresas y administraciones, en el despliegue y la implantación de la terminología, tanto en Cataluña como en otras CCAA (Comunidades Autónomas). En la web del CCI-TCM se pueden consultar los proyectos en los que participa el grupo: línea terminología.

El CCI-TCM ha realizado un manual de usuario para el navegador de SNOMED CT CliniClue Xplore. Esta herramienta libre permite realizar búsquedas y consultas de conceptos, así como navegar por la estructura de la terminología a través de un árbol. El manual, en catalán i castellano, se puede encontrar en la sección de publicaciones de la web del CCI-TCM. También está disponible en forma de vídeo-tutorial en la parte de vídeos.

Entradas relacionadas:

La semántica en salud (I)

La semántica en salud (II)