Entrades classificades amb: SNOB

Segona versió de l’extensió catalana de SNOMED CT

Leer en castellano

El passat 20 de desembre es va publicar la segona versió de l’extensió catalana de SNOMED CT. Aquesta versió està basada en l’ES-ARG del 31/10/2012 i l’INT del 31/07/2012 de SNOMED CT i conté els següents subconjunts:

Subconjunt AP (Anatomia Patològica)
Creat a partir dels treballs del CAP (Col·legi de Patòlegs Americà), s’ha actualitzat i adaptat a les necessitats del Sistema Sanitari Català. El subconjunt ha passat de quasi 72.000 conceptes disponibles a la primera versió, a uns 18.000 i s’hi han afegit molts termes nous, alguns provinents de la CIO-3 (Classificació Internacional d’Oncologia 3a edició). El microglossari també s’ha treballat, ampliant-lo d’uns 4.000 conceptes de la primera versió, a quasi 6.000. Aquest element es pot veure com un subconjunt del subconjunt, que actua com a llista dinàmica de termes preferits. El subconjunt d’AP es distribueix en format estàndard d’IHTSDO i Access reduït. Actualment s’està treballant per elaborar la documentació que expliqui els canvis i l’evolució del subconjunt des de la seva creació.

Subconjunt vacunes
Està format per 42 immunitzacions de l’eix de productes biològic farmacèutic de SNOMED CT, que s’han seleccionat a partir del catàleg que s’usava a HC3 (Història Clínica Compartida de Catalunya). També s’han inclòs les vacunes contemplades al projecte europeu epSOS i les considerades pel grup d’experts en el domini. Aquest subconjunt es distribueix en format estàndard d’IHTSDO i Excel. En el següent enllaç es pot consultar la documentació del component:

Subconjunts al·lèrgies
L’objectiu principal és informar les alertes a HC3, de manera que s’ha començat per les al·lèrgiques. Aquest és un domini complex, ja que pot incloure trastorns (al·lèrgia al pol·len), manifestacions (rinitis al·lèrgica per pol·len), proves confirmatòries de laboratori (pol·len IgE), agents causals (pol·len), etc. En el cas del Sistema Sanitari Català s’informen les manifestacions en CIM-9-MC i CIM-10, així com proves de laboratori en LOINC. Per relacionar els diferents subdominis i vocabularis s’han usat mapejos a SNOMED CT. També s’han tingut en compte els trastorns deguts als agents causals contemplats a epSOS, així com als provinents del peticionari de l’hospital de Sabadell. El grup d’experts en el domini i documentalistes també han proporcionat conceptes a considerar. Les manifestacions s’han triat seguint una classificació de gravetat anomenada CCS (Clinical Classification Software).

Per representar la diversitat explicada, s’han creat varis subconjunts, diferenciant entre trastorns i manifestacions. També s’ha creat un subconjunt d’alertes al·lèrgiques que conté tots els trastorn i les manifestacions més greus (quasi totes anafilaxis). A més a més, s’ha creat un subconjunt per cada tipus d’agent causal, diferenciant entre medicamentosos, alimentàries i altres. En total, s’han creat els 9 subconjunts següents (el contingut dels quals es pot repetir parcialment):

  • (1) Alertes al·lèrgiques 2044 membres.
  • (2) Trastorns 2016 conceptes:
    • (3) Medicamentosos 1537 conceptes.
    • No medicamentosos:
      • (4) Alimentaris 191 membres.
      • (5) No alimentaris 288 conceptes.
  • (6) Manifestacions 108 conceptes:
    • (7) Medicamentoses 11 conceptes.
    • No medicamentoses:
      • (8) Alimentàries 28 conceptes.
      • (9) No alimentàries 69 membres.

Aquests components es distribueixen en format estàndard d’IHTSDO i Excel. La documentació dels subconjunts es pot consultar als enllaços següents:

Subconjunt d’idioma català
Conformat per les descripcions traduïdes al català, de moment les 85 del subconjunt de vacunes. Aquest component s’anirà ampliant a mida que es vagin traduint més dominis. Es preveu que els següents seran els d’al·lèrgies i el microglossari d’AP. Aquest subconjunt es distribueix en format estàndard d’IHTSDO.

Actualment s’està treballant en la creació d’un diccionari clínic basat en SNOMED CT, així com en els dominis de Prestacions i MM (Malalties Minoritàries).

Amb l’extensió catalana també es distribueixen els següents documents:

L’OFSTI (Oficina d’Estàndards i Interoperabilitat) és la responsable de l’estàndard semàntic a Catalunya. El CCI (Centre de Competències d’Integració) dóna suport, entre d’altres, a l’OFSTI, en la creació de subconjunts de SNOMED CT i en la gestió de l’extensió catalana. Al web de l’OFSTI es pot omplir el formulari per accedir a l’àrea de descàrrega i al de peticions de contingut:

Llegir en català

El pasado 20 de diciembre se publicó la segunda versión de la extensión catalana de SNOMED CT. Esta versión está basada en la ES-ARG del 31/10/2012 y la INT del 31/07/2012 de SNOMED CT y contiene los siguientes subconjuntos:

Subconjunto AP (Anatomía Patológica)
Creado a partir de los trabajos del CAP (Colegio de Patólogos Americano), se ha actualizado y adaptado a las necesidades del Sistema Sanitario Catalán. El subconjunto ha pasado de casi 72.000 conceptos disponibles en la primera versión, a unos 18.000 y se le han añadido muchos términos nuevos, algunos provenientes de la CIO-3 (Clasificación Internacional de Oncología 3a edición). El microglosario también se ha trabajado, ampliándolo de unos 4.000 conceptos en la primera versión, a casi 6.000. Este elemento se puede ver como un subconjunto del subconjunto, que actúa como un lista dinámica de términos preferidos. El subconjunto de AP se distribuye en formato estándar de IHTSDO y Access reducido. Actualmente se está trabajando para elaborar la documentación que explique los cambios y la evolución del subconjunto des de su creación.

Subconjunto vacunas
Está formado por 42 inmunizaciones del eje de producto biológico farmacéutico de SNOMED CT, que se han seleccionado a partir del catálogo que se usaba en HC3 (Historia Clínica Compartida de Catalunya). También se han incluido las vacunas contempladas en el proyecto europeo epSOS y las consideradas por el grupo de expertos en el dominio. Este subconjunto se distribuye en formato estándar de IHTSDO y Excel. En el siguiente enlace se puede consultar la documentación del componente (CAT):

Subconjuntos alergias
El objetivo principal es informar las alertas en HC3, de manera que se ha empezado por las alérgicas. Este es un dominio complejo, ya que puede incluir trastornos (alergia al polen), manifestaciones (rinitis alérgica por polen), pruebas confirmatorias de laboratorio (polen IgE), agentes causales (polen), etc. En el caso del Sistema Sanitario Catalán se informan las manifestaciones en CIE-9-MC y CIE-10, así como pruebas de laboratorio en LOINC. Para relacionar los distintos subdominios y vocabularios se han usado mapeos a SNOMED CT. También se han tenido en cuenta los trastornos debidos a los agentes causales contemplados en epSOS, así como los provenientes del peticionario del hospital de Sabadell. El grupo de expertos en el dominio y documentalistas también ha proporcionado conceptos a considerar. Las manifestaciones se han escogido siguiendo una clasificación de gravedad denominada CCS (Clinical Classification Software).

Para representar la diversidad explicada, se han creado varios subconjuntos, diferenciando entre trastornos y manifestaciones. También se ha creado un subconjunto de alertas alérgicas que contiene todos los trastornos y las manifestaciones más graves (casi todas anafilaxias). A demás, se ha creado un subconjunto para cada tipo de agente causal, diferenciando entre medicamentosos, alimentarios y otros. En total, se han creado 9 subconjuntos siguientes (el contenido de los cuales se puede repetir parcialmente):

  • (1) Alertas alérgicas 2044 miembros.
  • (2) Trastornos 2016 conceptos:
    • (3) Medicamentosos 1537 conceptos.
    • No medicamentosos:
      • (4) Alimentarios 191 miembros.
      • (5) No alimentarios 288 conceptos.
  • (6) Manifestaciones 108 conceptos:
    • (7) Medicamentosas 11 conceptos.
    • No medicamentosos:
      • (8) Alimentarias 28 conceptos.
      • (9) No alimentarias 69 miembros.

Estos componentes se distribuyen en formato estándar de IHTSDO y en Excel. La documentación de los subconjuntos se puede consultar en los enlaces siguientes (CAT):

Subconjunto de idioma catalán
Conformado por las descripciones traducidas al catalán, de momento las 85 del subconjunto de vacunas. Este componente se irá ampliando a medida que se vayan traduciendo más dominios. Se prevé que los siguientes sean los de alergias y el microglosario de AP. Este subconjunto se distribuye en formato estándar de IHTSDO.

Actualmente se está trabajando en la creación de un diccionario clínico basado en SNOMED CT, así como en los dominios de Prestaciones y ER (Enfermedades Raras/Minoritarias).

Con la extensión catalana también se distribuyen los siguientes documentos (CAT):

La OFSTI (Oficina d’Estàndards i Interoperabilitat) es la responsable del estándar semántico en Catalunya. El CCI (Centre de Competències d’Integració) ofrece soporte, entro otros, a la OFSTI, en la creación de subconjuntos de SNOMED CT y en la gestión de la extensión catalana. En la web de la OFSTI se puede rellenar el formulario para acceder al área de descarga y al de peticiones de contenido:

CCI participa en la impartició del taller d’introducció a SNOMED CT i vocabularis clínics controlats

Leer en castellano

El Centre de Competències d’Integració va participar en la impartició del taller d’introducció a SNOMED CT i vocabularis clínics controlats, organitzat per HL7 Spain. La sessió es va realitzar a Barcelona, els passats dies 15 i 16 de novembre, i també va comptar amb una ponència de l’Oficina d’Estàndards i Interoperabilitat.

El taller va començar amb una presentació de tots els assistents i un repàs als estàndards d’HL7. Es va realitzar una introducció a la terminologia biomèdica i es van explicar els components bàsics i avançats de SNOMED CT. També es va presentar una guia de la gramàtica de l’estàndard, per construir expressions clíniques a través de la post-coordinació. Aquests coneixements es van compaginar amb exercicis pràctics i un cas d’ús basat en l’experiència real del Sistema Sanitari Català. Per acabar, es va introduir l’estàndard CDA R2 i es van presentar les estratègies i eines necessàries per desplegar SNOMED CT a una xarxa assistencial.

L’assistència al taller va ser de 9 alumnes, 4 d’ells de Navarra:

Es pot consultar més informació sobre la formació que el CCI ofereix a través del web: Formació i jornades.

Llegir en català

El Centre de Competències d’Integració participó en la impartición del taller de introducción a SNOMED CT y vocabularios clínicos controlados, organizado por HL7 Spain. La sesión se realizó en Barcelona, los días 15 y 16 de Noviembre y también contó con una ponencia de la Oficina d’Estàndards i Interoperabilitat.

El taller empezó con una presentación de todos los asistentes y un repaso a los estándares de HL7. Se realizó una introducción a la terminología biomédica y se explicaron los componentes básicos y avanzados de SNOMED CT. También se presentó una guía de la gramática del estándar, para construir expresiones clínicas a través de la post-coordinación. Estos conocimientos se compaginaron con ejercicios prácticos y un caso de uso basado en la experiencia real del Sistema Sanitario Catalán. Para acabar, se introdujo el estándar CDA R2 y se presentaron las estrategias y herramientas necesarias para desplegar SNOMED CT en una red asistencial.

La asistencia al taller fue de 9 alumnos, 4 de ellos de Navarra:

Se puede consultar más información sobre la formación que ofrece CCI a través de la web: Formación y jornadas.

Taller d’interoperabilitat semàntica, 3a ed curs SNOMED CT

Leer en castellano

El Centre de Competències d’Integració va realitzar els passats dies 3 i 4 d’octubre el taller d’interoperabilitat semàntica (3a edició del curs de SNOMED CT), promogut per l’OFSTI (Oficina d’Estàndards i Interoperabilitat). L’edició d’enguany es va realitzar a l’alula 213 de l’edifici universitària del Tecnocampus Mataró-Maresme, coneguda com a sala màster o postgrau.

Al curs es van presentar els tipus de vocabularis i terminologia que es poden trobar en l’àmbit de la salut per, posteriorment, explicar en detall els components bàsics de SNOMED CT i els mecanismes avançats. Es va presentar l’estat de l’art de les eines que treballen amb SNOMED CT, així com experiències d’implantació d’altres països i processos de gestió de l’estàndard. Els alumnes van poder treballar amb diferents navegadors de SNOMED CT (CliniClue Xplore, SNOB i ITS). Tots aquests continguts es van reforçar amb exercicis pràctics basats en experiències reals del Sistema Sanitari Català.

El taller va comptar amb la participació de 12 alumnes procedents de diferents regions d’Espanya, entre elles, València, Santander o Bilbao:

Es pot trobar més informació sobre la formació que el CCI ofereix a través del web: Formació i jornades. El calendari ja compta amb algunes sessions per la temporada 2012-2013.

Llegir en català

El Centre de Competències d’Integració realizó, los pasados días 3 y 4 de octubre el taller de interoperabilidad semántica (3a edición del curso de SNOMED CT), promovido por la OFSTI (Oficina d’Estàndards i Interoperabilitat). La edición de este año se llevó a cabo en el aula 213 del edificio universitario de Tecnocampus Mataró-Maresme, también llamada sala máster o posgrado.

En el curso se presentaron los tipos de vocabularios y terminologías que se pueden encontrar en el ámbito de la salud para, posteriormente, explicar en detalle los componentes básicos de SNOMED CT y los mecanismos avanzados. Se presentó el estado del arte de las herramientas que trabajan con SNOMED CT, así como experiencias de implantación de otros paises y procesos de gestión del estándar. Los alumnos pudieron trabajar con distintos navegadores de SNOMED CT(CliniClue XploreSNOBITS).  Todos estos contenidos se reforzaron con ejercicios prácticos basados en la experiencia real del Sistema Sanitario Catalán.

El taller contó con la participación de 12 alumnos procedentes de distintas regiones de España, entre ellas Valencia, Santander y Bilbao:

Se puede encontrar más información sobre la formación que el CCI ofrece a través de la web: Formación y jornades. El calendario ya cuenta con algunas sesiones para la temporada 2012-2013.

SNOB (SNOmed Browser)

Leer en castellano

Aquet post no vol ser un manual, el que vol és mostrar les funcionalitats que té l’aplicació.

SNOB és un software gratuït que permet la navegació pel contingut de SNOMED CT, i proporciona unes funcionalitats molt útils per treballar amb aquest vocabulari. L’eina permet importar qualsevol versió de la terminologia.

Per explicar SNOB, en dividirem la interfície en quatre zones:

1. El cercador.

2. El navegador del contingut de SNOMED CT.

3. La informació del concepte.

4. Pissarra per col·locar-hi part del navegador SNOMED CT.

La navegació la permet realitzar mitjançant un cercador amb un camp de text (1), al qual se li pot indicar un/s mot/s o bé el conceptId, i ens mostrarà les coincidències, o bé navegant per l’arbre jeràrquic (2), on es mostrarà tota la informació referent aquell concepte al centre de la pantalla, i a l’extrem inferior esquerra (3).

La zona inferior dreta (4), està destinada a col·locar-hi part de la jerarquia que ens interessi, per poder treballar paral·lelament amb dues jerarquies i poder fer consultes a SNOMED CT més eficients i precises.

Les principals funcionalitats que proporciona l’aplicació són:

– Duplicar la pantalla per tal de treballar amb dues interfícies simultàniament (spawn), ja sigui amb la mateixa o diferent BBDD. Automàticament manté el paral·lelisme amb les interfícies, és a dir, si es selecciona un concepte a la interfície A, quedarà seleccionat també a la B.

– Permet la creació i gestió de subsets de SNOMED CT. Es pot crear un subconjunt i assignar-hi tants conceptes com es vulgui de forma senzilla, i treballar amb tots o únicament amb els conceptes que es trobin dins el subset actiu. Posteriorment, es pot exportar el llistat que el forma en format CSV, amb l’estructura estàndard.

– La versió internacional de SNOMED CT, té el mapeig entre SNOMED CT i la CIM-9-MC. Aquest conjunt de referències creuades pot ser importat a SNOB i es podran consultar les correspondències que el conformen. Per exemple si busquem el concepte 229706001, veiem:

– La post-coordinació serveix per donar un valor als atributs que tingui associats a un concepte, i mostrar la sintaxi de l’expressió clínica resultant. Per exemple assignem valors als atributs del concepte:

Resultat en forma d’expressió:

– Facilita l’enviament de comentaris d’un concepte via e-mail, adjuntant tota la informació de la BBDD que s’utilitza i la versió de SNOMED CT importada.

– A cada concepte es pot assignar una nota. I les notes podran estar agrupades per temes per tal de poder filtrar i cercar de forma ràpida un grup concret de conceptes/notes.

 

Obtenció de SNOB:

– Pàg. principal: http://snob.eggbird.eu/index.html

– Descàrrega: http://snob.eggbird.eu/download.html

 

Obtenció de SNOMED CT:

Per obtenir SNOMED CT es pot visitar la web de l’OFSTI (Oficina d’Estàdnards i Interoperabilitat) de la Fundació TicSalut, en el cas de Catalunya (versions internacionals INT i ES-ARG i extensió catalana):

http://www.gencat.cat/salut/ticsalut/html/ca/dir3475/index.html

O la del MSSSI (Ministerio de Sanidad, Servicios Sociales e Igualdad) en l’àmbit espanyol (versions internacionals INT i ES-ARG):

http://www.msps.es/profesionales/hcdsns/areaRecursosSem/snomed-ct/areaDescarga.htm

En qualsevol d’ambdues planes es proporcionarà un formulari per sol·licitar la llicència de SNOMED CT.

El CCI-TCM (Centre de Competències d’Integració de la fundació Tecnocampus Mataró-Maresme) ha redactat un manual d’usuari de SNOB. A l’apartat de publicacions del web del CCI-TCM es poden trobar altres manuals, com el del navegador de SNOMED CT CliniClue  Xplore.

Llegir en català

Este post no quiere ser un manual, lo que quiere es mostrar las funcionalidades que tiene la aplicación.

SNOB es un software gratuito que permite la navegación por el contenido de SNOMED CT, y proporciona unas funcionalidades muy útiles para trabajar con este vocabulario. La herramienta permite importar cualquier versión de la terminología.

Para explicar SNOB, dividiremos la interfaz en cuatro zonas:

1. El buscador.

2. El navegador del contenido de SNOMED CT.

3. La información del concepto.

4. Pizarra para colocar parte del navegador SNOMED CT.

La navegación la permite realizar mediante un buscador con un campo de texto (1), al cual se le puede indicar una/s palabra/s o bien el conceptId, y nos mostrará las coincidencias, o bien navegando por el árbol jerárquico (2), donde se mostrará toda la información referente a aquel concepto en el centro de la pantalla, y en el extremo inferior izquierda (3).

La zona inferior derecha (4), está destinada a colocar parte de la jerarquía que nos interese, para poder trabajar paralelamente con dos jerarquías y poder hacer consultas a SNOMED CT más eficientes y precisas.

Las principales funcionalidades que proporciona la aplicación son:

– Duplicar la pantalla para trabajar con dos interfaces simultáneamente (spawn), ya sea con la misma o diferente BBDD. Automáticamente mantiene el paralelismo con las interfaces, es decir, si se selecciona un concepto en la interfaz A, quedará seleccionado también en la B.

– Permite la creación y gestión de subsets de SNOMED CT. Se puede crear un subconjunto y asignar tantos conceptos como se quiera de forma sencilla, y trabajar con todos o únicamente con los conceptos que se encuentren dentro del subset activo. Posteriormente, se puede exportar el listado que lo forma en formato CSV, con la estructura estándar.

– La versión internacional de SNOMED CT, tiene el mapeo entre SNOMED CT y la CIM-9-MC. Este conjunto de referencias cruzadas puede ser importado a SNOB y se podrán consultar las correspondencias que lo conforman. Por ejemplo si buscamos el concepto 229706001, vemos:

– La post-coordinación sirve para dar un valor a los atributos que tenga asociados un concepto, y mostrar la sintaxis de la expresión clínica resultante. Por ejemplo asignamos valores a los atributos del concepto:

Resultado en forma de expresión:

– Facilita el envío de comentarios de un concepto vía e-mail, adjuntando toda la información de la BBDD que se utiliza y la versión de SNOMED CT importada.

– A cada concepto se puede asignar una nota. Y las notas podrán estar agrupadas por temas para poder filtrar y buscar de forma rápida un grupo concreto de conceptos/notas.

 

Obtención de SNOB:

– Pág. principal: http://snob.eggbird.eu/index.html

– Descarga: http://snob.eggbird.eu/download.html

 

Obtención de SNOMED CT:

Para obtener SNOMED CT se puede visitar la web de la OFSTI (Oficina d’Estàndards i Interoperabilitat) de la Fundació TicSalut, en el caso de Cataluña (versiones internacionales INT y ES-ARG y extensión catalana):

http://www.gencat.cat/salut/ticsalut/html/ca/dir3475/index.html

O la del MSSSI (Ministerio de Sanidad, Servicios Sociales e Igualdad) en el ámbito español (versiones internacionales INT i ES-ARG):

http://www.msps.es/profesionales/hcdsns/areaRecursosSem/snomed-ct/areaDescarga.htm

En cualquier de ambas planas se proporcionará un formulario para solicitar la licencia de SNOMED CT.

El CCI-TCM (Centre de Competències d’Integració de la fundació Tecnocampus Mataró-Maresme) ha redactado un manual de usuario de SNOB. En el apartado de publicacions de la web del CCI-TCM se pueden encontrar otros manuales, como el del navegador de SNOMED CT CliniClue Xplore.